24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mland

木虫 (著名写手)

应助: 8 (幼儿园)
贵宾: 0.02
金币: 4893.2
帖子: 2517
在线: 197.8小时
虫号: 471503

[交流] 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸

最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸
看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中，
给出了长方体的长、宽、高
自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得，
还望高人指点，先谢谢了！

附上分子结构和图

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

收藏	Gaussian学习

» 猜你喜欢

中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理已经有0人回复
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理已经有0人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有95人回复
澳大利亚南昆士兰大学量子点课题组招收博士生已经有0人回复
寻求物理化学学报最新的投稿模板！已经有4人回复
投稿咨询已经有7人回复
自科面上散金币祈福已经有61人回复
香港中文大学（深圳）2026年招聘公告已经有0人回复
求问：LATP煅烧应该使用什么容器？已经有0人回复
西安交通大学赵旭课题组招收研究助理--电催化方向已经有1人回复
西安交通大学赵旭课题组 2026年招收博士后-电催化方向已经有0人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

ChIP难道低级到可以这样做吗？已经有9人回复
rt-pcr电泳图，求好心虫友帮助分析一下，跪谢。。。已经有14人回复
测酶活中的缓冲液怎么配制已经有11人回复
清华大学红外光谱已经有325人回复
用PCR扩增后的DNA如何测序？不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧？已经有6人回复
求助一种高分子材料。。已经有23人回复
分子合成需要掌握哪些实验室技术，以及分析技术已经有15人回复
怎样比较完全地提取土壤中的微生物？已经有15人回复
用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑已经有16人回复
求助蛋白质分子三维尺寸已经有12人回复
大家讨论一下生物界中存在的酶（三维空间尺寸）最小的是哪一个已经有12人回复
谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区已经有50人回复
【求助/交流】分光光度计测出的吸光值如何计算CAT,APX,POD？已经有11人回复
【求助】求MOLEKEL 4.3 Windows 版本，谢谢已经有9人回复
【求助】氨基酸序列三维结构的获得已经有5人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2010-11-16 17:51:28

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lingtao

银虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 496.7
帖子: 418
在线: 450.8小时
虫号: 1228952

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

2楼: Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4 ...

您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中：
（1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？
（2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。
（3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？
谢谢了~

QQ截图20130430171021.png

QQ截图20130430172038.png

赞一下

回复此楼

17楼2013-04-30 17:21:01

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 17 个回答

ykwang

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3171.7
帖子: 639
在线: 386.4小时
虫号: 500302

mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45

看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸：

1.  将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。
2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示：

坐标 vdW                   BOX的尺度（单位是Angstroms）

   -X1    R1
      X2    R2       ==》 X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0
   -Y1    R3
      Y2    R4    ==》 Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0
      -Z1    R5
      Z2    R6    ==》 Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0

注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ]

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2010-11-16 18:50:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖