| 查看: 3376 | 回复: 16 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
mland木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸
|
||||
|
最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸 看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中， 给出了长方体的长、宽、高 自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得， 还望高人指点，先谢谢了！ 附上分子结构和图  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 收藏 | Gaussian学习 |
» 猜你喜欢
求助：三乙酰丙酮铁（Fe(acac)₃）标准红外(IR)与XRD谱图/数据
已经有1人回复
-
分子动力学 Plumed教程求助
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有74人回复
-
研究生学术新锐奖｜宁波微纳材料研讨会参会通知
已经有2人回复
-
申请2027年材料/化学类博士
已经有6人回复
-
求相关合成条件
已经有12人回复
-
2027春季申博自荐
已经有6人回复
-
青基的材料青椒们，可以把硕士联培生送我这里，要研二男生
已经有68人回复
-
申博
已经有2人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- ChIP难道低级到可以这样做吗？
已经有9人回复
- rt-pcr电泳图，求好心虫友帮助分析一下，跪谢。。。
已经有14人回复
- 测酶活中的缓冲液怎么配制
已经有11人回复
- 清华大学红外光谱
已经有325人回复
- 用PCR扩增后的DNA如何测序？不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧？
已经有6人回复
- 求助一种高分子材料。。
已经有23人回复
- 分子合成需要掌握哪些实验室技术，以及分析技术
已经有15人回复
- 怎样比较完全地提取土壤中的微生物？
已经有15人回复
- 用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑
已经有16人回复
- 求助蛋白质分子三维尺寸
已经有12人回复
- 大家讨论一下生物界中存在的酶（三维空间尺寸）最小的是哪一个
已经有12人回复
- 谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区
已经有50人回复
- 【求助/交流】分光光度计测出的吸光值如何计算CAT,APX,POD？
已经有11人回复
- 【求助】求MOLEKEL 4.3 Windows 版本，谢谢
已经有9人回复
- 【求助】氨基酸序列三维结构的获得
已经有5人回复
duanya061
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5583.6
- 红花: 3
- 帖子: 710
- 在线: 378.9小时
- 虫号: 760672
- 注册: 2009-04-30
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
14楼2010-11-26 21:04:36
ykwang
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3171.7
- 红花: 1
- 帖子: 639
- 在线: 386.4小时
- 虫号: 500302
- 注册: 2008-02-13
- 专业: 理论和计算化学
mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
|
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸： 1. 将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。 2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示： 坐标 vdW BOX的尺度（单位是Angstroms） -X1 R1 X2 R2 ==》 X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0 -Y1 R3 Y2 R4 ==》 Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0 -Z1 R5 Z2 R6 ==》 Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0 注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。 [ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ] |
2楼2010-11-16 18:50:37
mland
木虫 (著名写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 贵宾: 0.02
- 金币: 4893.2
- 散金: 25
- 红花: 7
- 沙发: 6
- 帖子: 2517
- 在线: 197.8小时
- 虫号: 471503
- 注册: 2007-12-01
- 性别: GG
- 专业: 催化化学
3楼2010-11-16 18:59:15
duanya061
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5583.6
- 红花: 3
- 帖子: 710
- 在线: 378.9小时
- 虫号: 760672
- 注册: 2009-04-30
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
4楼2010-11-16 19:32:18