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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock能对接含有金属原子的配体么？
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roger0314

禁虫 (小有名气)
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1楼 2010-11-10 12:06:24
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-12 13:02:55
roger0314(金币+1): 2010-11-13 09:23:59
听说可以改角本，把金属离子改下，再对接，具体如何做不知道
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2楼2010-11-12 10:04:36
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-10 10:43:41
完全可以！ 没有任何问题：） 放心去做吧！ 如果你的金属与你要对接的活性位点较远 可以删除，如果金属就在活性位点的区域，就连金属离子一起对接！
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3楼2010-12-10 01:21:02
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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4楼2011-09-05 20:01:01
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roger0314

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2011-09-05 23:30:42
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PSA

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-07 14:28:01
可以的呀，不过有可能对其电荷不会自动加上，你需要手动改的
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6楼2011-09-06 16:14:51
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roger0314

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2011-09-07 00:19:13
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jinyanyan

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 01:21:02
完全可以！ 没有任何问题：） 放心去做吧！ 如果你的金属与你要对接的活性位点较远 可以删除，如果金属就在活性位点的区域，就连金属离子一起对接！

那金属离子会以合适的作用方式作用吗？比如配位键
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8楼2014-06-06 23:12:14
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以呀，增加相关金属离子参数即可
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9楼2014-06-09 17:01:11
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limy0914

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by autodockytu at 2014-06-09 17:01:11
可以呀，增加相关金属离子参数即可

我刚做对接也遇到同要问题，请问要怎么增加金属离子的参数啊？
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10楼2014-07-28 08:57:56
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坏猫懒懒

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by autodockytu at 2014-06-09 17:01:11
可以呀，增加相关金属离子参数即可

同问，怎么添加相关金属参数呀，是在AD4.1_bound.dat文件中修改吗？
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11楼2014-10-28 20:35:11
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by 坏猫懒懒 at 2014-10-28 20:35:11
同问，怎么添加相关金属参数呀，是在AD4.1_bound.dat文件中修改吗？...

是的，增加相关金属离子参数一行，然后运行Autogrid和autodock
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12楼2014-10-28 22:14:23
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by 坏猫懒懒 at 2014-10-28 20:35:11
同问，怎么添加相关金属参数呀，是在AD4.1_bound.dat文件中修改吗？...

您好，我想请教您一下，AD4.1_bound文件在哪里啊？我要对接的配体是含金的小分子，我想把金的参数给加到里面，可是不知道怎么加进去。
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13楼2015-12-25 18:56:24
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问一下，你的配体上面含有的金属原子是啥啊？我的配体上面含金原子，不知道能不能借鉴你的做法？
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14楼2015-12-25 19:36:29
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lipeng43

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by limy0914 at 2014-07-28 08:57:56
我刚做对接也遇到同要问题，请问要怎么增加金属离子的参数啊？...

请问怎么增加的？

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15楼2017-04-03 17:38:02
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