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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock的结合能是只能横向比较吗？
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姜志文

新虫 (小有名气)

[交流] autodock的结合能是只能横向比较吗？ 已有5人参与

autodock做出来的结合能一般结果都很小啊，总觉得只能在autodock软件内横向比较，粗略的判断哪个分子的对接效果更好一些。是不是这样啊。。。

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1楼 2014-03-10 18:18:47
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-12 19:18:39
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选，整体评价，当然实验是最靠谱的，比如FPA，Elisa，ITC等试验
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2楼2014-03-12 09:37:26
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-12 19:18:44
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接，主要是比较结合能，关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化，不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单，分析获得启示才是关键。嘿嘿，其实我也是在学，这段时间也在摸索，我们可以一起交流下。
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海纳百川，有容乃大
3楼2014-03-12 12:17:07
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-03-12 09:37:26
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选，整体评价，当然实验是最靠谱的，比如FPA，Elisa，ITC等试验

多谢大神，待我百度学习一下，再来切磋

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4楼2014-03-12 12:35:17
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-12 12:17:07
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接，主要是比较结合能，关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化，不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单，分析获得启示才是关键。嘿嘿，其实我 ...

嗯嗯，我看到一篇文献用gromacs跑的结合能和我用autodock跑的结果不同，觉得autodock可能只是内部打分软件，就像你说的，启示才最重要，嘿嘿。

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5楼2014-03-12 12:41:19
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muyunlvyi

金虫 (小有名气)
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请问各位，autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗？
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姜志文
6楼2014-03-13 08:56:21
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姜志文

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 08:56:21
请问各位，autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗？

不可以，autodock最好是蛋白质大分子，金属离子估计不行

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7楼2014-03-13 12:17:20
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muyunlvyi

金虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-14 08:20:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by 姜志文 at 2014-03-13 12:17:20
不可以，autodock最好是蛋白质大分子，金属离子估计不行
...

我折腾了很久，autodock还没有装好，请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢？
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8楼2014-03-13 12:21:56
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 12:21:56
我折腾了很久，autodock还没有装好，请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢？...

确实不行。。。都没办法编辑pdb文件

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9楼2014-03-13 12:50:10
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-22 14:00:16
一般结合能在7、8、9左右，上十就挺好的了，如果结合能太小的话就要考虑是不是位点没找好即Grid Box参数没设置好的问题了。希望对你有帮助。
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海纳百川，有容乃大
10楼2014-03-21 17:54:04
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