应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock的结合能是只能横向比较吗？
131/2返回列表12下一页
查看: 2316  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

姜志文

新虫 (小有名气)

[交流] autodock的结合能是只能横向比较吗？ 已有5人参与

autodock做出来的结合能一般结果都很小啊，总觉得只能在autodock软件内横向比较，粗略的判断哪个分子的对接效果更好一些。是不是这样啊。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-10 18:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-12 19:18:39
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选，整体评价，当然实验是最靠谱的，比如FPA，Elisa，ITC等试验
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-12 09:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-12 19:18:44
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接，主要是比较结合能，关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化，不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单，分析获得启示才是关键。嘿嘿，其实我也是在学，这段时间也在摸索，我们可以一起交流下。
赞一下 回复此楼
海纳百川，有容乃大
3楼2014-03-12 12:17:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-03-12 09:37:26
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选，整体评价，当然实验是最靠谱的，比如FPA，Elisa，ITC等试验

多谢大神，待我百度学习一下，再来切磋

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-03-12 12:35:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-12 12:17:07
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接，主要是比较结合能，关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化，不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单，分析获得启示才是关键。嘿嘿，其实我 ...

嗯嗯，我看到一篇文献用gromacs跑的结合能和我用autodock跑的结果不同，觉得autodock可能只是内部打分软件，就像你说的，启示才最重要，嘿嘿。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-12 12:41:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muyunlvyi

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问各位，autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

姜志文
6楼2014-03-13 08:56:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 08:56:21
请问各位，autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗？

不可以，autodock最好是蛋白质大分子，金属离子估计不行

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2014-03-13 12:17:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muyunlvyi

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-14 08:20:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by 姜志文 at 2014-03-13 12:17:20
不可以，autodock最好是蛋白质大分子，金属离子估计不行
...

我折腾了很久，autodock还没有装好，请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢？
赞一下 回复此楼
8楼2014-03-13 12:21:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 12:21:56
我折腾了很久，autodock还没有装好，请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢？...

确实不行。。。都没办法编辑pdb文件

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
9楼2014-03-13 12:50:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-22 14:00:16
一般结合能在7、8、9左右，上十就挺好的了，如果结合能太小的话就要考虑是不是位点没找好即Grid Box参数没设置好的问题了。希望对你有帮助。
赞一下 回复此楼
海纳百川，有容乃大
10楼2014-03-21 17:54:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 姜志文 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭