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姜志文

新虫 (小有名气)

[交流] autodock的结合能是只能横向比较吗? 已有5人参与

autodock做出来的结合能一般结果都很小啊,总觉得只能在autodock软件内横向比较,粗略的判断哪个分子的对接效果更好一些。是不是这样啊。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-22 14:00:16
一般结合能在7、8、9左右,上十就挺好的了,如果结合能太小的话就要考虑是不是位点没找好即Grid Box参数没设置好的问题了。希望对你有帮助。
海纳百川,有容乃大
10楼2014-03-21 17:54:04
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pymol

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-12 19:18:39
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选,整体评价,当然实验是最靠谱的,比如FPA,Elisa,ITC等试验
2楼2014-03-12 09:37:26
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-12 19:18:44
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接,主要是比较结合能,关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化,不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单,分析获得启示才是关键。嘿嘿,其实我也是在学,这段时间也在摸索,我们可以一起交流下。
海纳百川,有容乃大
3楼2014-03-12 12:17:07
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姜志文

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-03-12 09:37:26
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选,整体评价,当然实验是最靠谱的,比如FPA,Elisa,ITC等试验

多谢大神,待我百度学习一下,再来切磋

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-03-12 12:35:17
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