应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock的结合能是只能横向比较吗？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 2369  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

姜志文

新虫 (小有名气)

[交流] autodock的结合能是只能横向比较吗？ 已有5人参与

autodock做出来的结合能一般结果都很小啊，总觉得只能在autodock软件内横向比较，粗略的判断哪个分子的对接效果更好一些。是不是这样啊。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-10 18:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-12 19:18:39
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选，整体评价，当然实验是最靠谱的，比如FPA，Elisa，ITC等试验
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-12 09:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-12 19:18:44
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接，主要是比较结合能，关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化，不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单，分析获得启示才是关键。嘿嘿，其实我也是在学，这段时间也在摸索，我们可以一起交流下。
赞一下 回复此楼
海纳百川，有容乃大
3楼2014-03-12 12:17:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-03-12 09:37:26
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选，整体评价，当然实验是最靠谱的，比如FPA，Elisa，ITC等试验

多谢大神，待我百度学习一下，再来切磋

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-03-12 12:35:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-12 12:17:07
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接，主要是比较结合能，关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化，不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单，分析获得启示才是关键。嘿嘿，其实我 ...

嗯嗯，我看到一篇文献用gromacs跑的结合能和我用autodock跑的结果不同，觉得autodock可能只是内部打分软件，就像你说的，启示才最重要，嘿嘿。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-12 12:41:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muyunlvyi

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问各位，autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

姜志文
6楼2014-03-13 08:56:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 08:56:21
请问各位，autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗？

不可以，autodock最好是蛋白质大分子，金属离子估计不行

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2014-03-13 12:17:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muyunlvyi

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-14 08:20:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by 姜志文 at 2014-03-13 12:17:20
不可以，autodock最好是蛋白质大分子，金属离子估计不行
...

我折腾了很久，autodock还没有装好，请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢？
赞一下 回复此楼
8楼2014-03-13 12:21:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 12:21:56
我折腾了很久，autodock还没有装好，请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢？...

确实不行。。。都没办法编辑pdb文件

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
9楼2014-03-13 12:50:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-22 14:00:16
一般结合能在7、8、9左右，上十就挺好的了，如果结合能太小的话就要考虑是不是位点没找好即Grid Box参数没设置好的问题了。希望对你有帮助。
赞一下 回复此楼
海纳百川，有容乃大
10楼2014-03-21 17:54:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 姜志文 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 266求调剂 +6 学员97LZgn 2026-04-03 6/300 2026-04-04 00:00 by userper
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +11 勇敢的小吴 2026-04-02 11/550 2026-04-03 21:46 by qlm5820
[考研] 344材料与化工调剂 +8 调剂上岸玘 2026-04-03 8/400 2026-04-03 21:38 by Demonsssss
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +9 yelck 2026-04-03 10/500 2026-04-03 13:20 by yelck
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+4 psa1234 2026-04-01 10/500 2026-04-03 11:08 by Kittylucky
[考研] 生物学硕341求调剂 +4 你笑起来像云朵 2026-04-03 4/200 2026-04-03 10:32 by macy2011
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +15 秋二十二 2026-03-30 15/750 2026-04-03 10:19 by linyelide
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:44 by yulian1987
[考研] 交通运输考试264分求工科调剂 +4 jike777 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:53 by zllcz
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +20 Youth_ 2026-03-30 20/1000 2026-04-02 14:48 by 5896
[考研] 372求调剂 +3 jj涌77 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:57 by olim
[考研] 085410 一志愿211 22408分数359求调剂 +3 123456789qw 2026-03-31 4/200 2026-04-02 00:06 by 义文wang
[考研] 食品学硕362求调剂 +3 xuanxianxian 2026-04-01 3/150 2026-04-01 21:05 by 啊李999
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-30 16/800 2026-04-01 17:58 by 邱gl
[考研] 省双一流重点一本大学招收调剂 +4 wwwwffffff 2026-03-31 7/350 2026-04-01 15:23 by wwwwffffff
[考研] 一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂 +8 披星河 2026-03-30 8/400 2026-03-31 08:53 by lbsjt
[考研] 复试调剂 +3 raojunqi0129 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:27 by 落睿可思
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭