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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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姜志文

新虫 (小有名气)

[交流] autodock的结合能是只能横向比较吗? 已有5人参与

autodock做出来的结合能一般结果都很小啊,总觉得只能在autodock软件内横向比较,粗略的判断哪个分子的对接效果更好一些。是不是这样啊。。。

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pymol

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-12 19:18:39
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选,整体评价,当然实验是最靠谱的,比如FPA,Elisa,ITC等试验
2楼2014-03-12 09:37:26
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-12 19:18:44
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接,主要是比较结合能,关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化,不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单,分析获得启示才是关键。嘿嘿,其实我也是在学,这段时间也在摸索,我们可以一起交流下。
海纳百川,有容乃大
3楼2014-03-12 12:17:07
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姜志文

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-03-12 09:37:26
可以考虑用PYRX等软件做虚拟筛选,整体评价,当然实验是最靠谱的,比如FPA,Elisa,ITC等试验

多谢大神,待我百度学习一下,再来切磋

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-03-12 12:35:17
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姜志文

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-12 12:17:07
通常是用不同的配体来与同一个受体大分子对接,主要是比较结合能,关键是如何通过结合能的比较分析进一步对配体分子进行优化,不断优化后得到结合非常好的配体。所以计算很简单,分析获得启示才是关键。嘿嘿,其实我 ...

嗯嗯,我看到一篇文献用gromacs跑的结合能和我用autodock跑的结果不同,觉得autodock可能只是内部打分软件,就像你说的,启示才最重要,嘿嘿。

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5楼2014-03-12 12:41:19
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muyunlvyi

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问各位,autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗?

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2014-03-13 08:56:21
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姜志文

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 08:56:21
请问各位,autodock可以做有机分子和金属离子的对接吗?

不可以,autodock最好是蛋白质大分子,金属离子估计不行

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2014-03-13 12:17:20
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muyunlvyi

金虫 (小有名气)

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-14 08:20:10
引用回帖:
7楼: Originally posted by 姜志文 at 2014-03-13 12:17:20
不可以,autodock最好是蛋白质大分子,金属离子估计不行
...

我折腾了很久,autodock还没有装好,请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢?
8楼2014-03-13 12:21:56
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姜志文

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by muyunlvyi at 2014-03-13 12:21:56
我折腾了很久,autodock还没有装好,请问对接的时候是不是不能选择金属离子为配体呢?...

确实不行。。。都没办法编辑pdb文件

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2014-03-13 12:50:10
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-22 14:00:16
一般结合能在7、8、9左右,上十就挺好的了,如果结合能太小的话就要考虑是不是位点没找好即Grid Box参数没设置好的问题了。希望对你有帮助。
海纳百川,有容乃大
10楼2014-03-21 17:54:04
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