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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR 总是没P出来
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yangjunzju

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】PCR 总是没P出来 已有17人参与

各位虫友，我最近在做PCR，但是我总是没P出来，我的引物有点长，有75个bp，这个东西有影响吗？是不是应该在退火温度和退火时间上要注意一些啊？如果是的话应该如何确定退火温度和时间呢？还请高手指点。。。不胜感激。。。
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1楼 2010-07-02 17:02:06
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lvtd

金虫 (小有名气)
★ ★
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amisking(金币+1):good！ 2010-07-02 18:23:32
yangjunzju(金币+1): 2010-07-03 12:23:53
引物太长或太短都有影响。你75个bp，你的延伸温度要多高？不适合酶反应。一般选择15-30个bp，建议你重新设计引物试试。
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tobeornottobe,thisisaquestion!
2楼2010-07-02 17:08:13
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yangjunzju

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lvtd at 2010-07-02 17:08:13:
引物太长或太短都有影响。你75个bp，你的延伸温度要多高？不适合酶反应。一般选择15-30个bp，建议你重新设计引物试试。

我的延伸温度是72度，引物不能缩短的情况下有什么办法可以使它尽量P出来吗
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3楼2010-07-02 17:30:32
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lixg

铁杆木虫 (正式写手)
★
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yangjunzju(金币+1): 2010-07-03 12:24:04
建议试试两步法PCR
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4楼2010-07-02 17:56:34
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zsxnd

铁杆木虫 (著名写手)
★
amisking(金币+1):欢迎交流！ 2010-07-02 18:23:41
yangjunzju(金币+1): 2010-07-03 12:24:09
引物确实长，但是退火温度设定为60左右，然后增加循环数，先低温P几圈，后60多，多批几圈，或者加大点Mg的浓度！
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5楼2010-07-02 18:09:22
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ydgua

捐助贵宾 (小有名气)
★
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yangjunzju(金币+1): 2010-07-03 12:24:13
你的目的片段的模板是什么？如果是质粒就应该好做，但如果是cDNA，再加引物这么长，可能会不好做。
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6楼2010-07-02 22:30:17
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ydgua

捐助贵宾 (小有名气)
yangjunzju(金币+1): 2010-07-03 12:24:18
退火问题你可以根据直接与目的基因配对的那部分序列来推算
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7楼2010-07-02 22:31:16
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zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-07-03 06:24:12
yangjunzju(金币+1): 2010-07-03 12:24:25
不管是用软件还是手工设计的引物都不会像lz说的这样长。估计lz的75bp引物其有效引物即与模板配对的部分应该也是15~30bp左右，其余的部分应该在5‘段，作为一段翘起的尾巴。不知是否正确？
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我有一个梦想，我梦想有一天，我们的人民可以根据自己的意愿与消费能力，居住在自己愿意居住的地方。
8楼2010-07-02 23:00:04
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yangjunzju

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhaohq1209 at 2010-07-02 23:00:04:
不管是用软件还是手工设计的引物都不会像lz说的这样长。估计lz的75bp引物其有效引物即与模板配对的部分应该也是15~30bp左右，其余的部分应该在5‘段，作为一段翘起的尾巴。不知是否正确？

呵呵，你果然犀利，对的。。。尾巴长有50bp，有效长度为25。。。那么这个退火温度应该怎么确定呢？还请指点，非常感谢。
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9楼2010-07-03 12:22:52
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xzx135

铁杆木虫 (正式写手)
一条引物75个bp?太大了吧，这样你的退火温度会很高的。重新设计一下引物，或者分段pcr
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10楼2010-07-03 12:33:59
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