小木虫

各位虫友好，初次安装lammps软件，已形成lmp_serial可执行文件，采用example中in文件可正常运行。但运行自己写的文件时，出现以下错误。error:unrecognizedatomstyle\'full\'ispartofthemolecule...

做MD模拟的时候，两个体系之间的相互作用势参数咋找啊，找了很久没找到

上图表示平行于xy平面，也就是z方向上径向分布函数，没看懂什么意思，有人知道如何计算吗

求助大神帮忙计算正十六烷和2甲基十五烷的动力学直径，如果能有文献参考更好

哪位虫友能分享一下比较新版本的Ms软件吗？非常感谢！

请问按照文献中所说：给出原子的能量求速度，满足麦克斯韦分布的方式，这种有什么办法实现吗？在lammps里能实现吗？还是需要借助外部程序呢？求指点

想了解下国内外做共价有机骨架COF理论计算相关的课题组有哪些

各位道友，有偿寻求MS，Lamps的安装包

我的模型和图片中的类似，我对物块两端固定，xyz采用周期性边界条件，对两物块其余部分分别使用同样的npt，温度设置为698K，压力为1个大气压。为什么温度达不到设定的698K，并且两部分温度还不一样，求大神帮帮我

我想使用cpptraj从动力学轨迹文件中提取某一帧作为下一个动力学窗口的起始rst文件。指令操作如下：cpptrajparmmodel.prmtoptrajinxxx.cdf200020001trajout2000.rst7restartgo结果会生成一个20...

实验室的电脑计算很慢，想知道哪里可以租到超算，工作站？淘宝的看了要排到节后…

具体来说又是用哪个模块，感觉是sorption，但是吸水和渗水又不太一样

我做对接时遇到的一个问题，提示错误：autogrid4:ERROR:ToomanyatomsinreceptorPDBQTfilemacro.pdbqt;autogrid4:ERROR:--themaximumnumberofatoms,AG_MAX_ATOM...

在SYBYL中查看mleuculardocking分子对接结果时，在resultsbrowser中默认情况下显示的是打分最高的分子的构象，但是Cscore得分却很低，所以想换成Cscore较高的构象进行分析，但是不知道怎么换，请各位老师帮帮忙。谢谢

各位大神好，小弟急需模拟光在皮肤中的传输，如果有会的，愿意教我或者代做，必有重谢。

[分子模拟书籍][中英文两本][Frenkel著汪文川译,2002,分子模拟-从算法到应用][Frenkel,2002,UnderstandingMolecularSimulationFromAlgorithmstoApplicati]之前资源没有下载链接了。...

请问大佬们，用什么软件可以显示出小分子和蛋白质之间产生的疏水作用、范德华力啊？我用pymol只显现氢键T_T

我想计算不同温度下，聚乳酸高聚物的比热容，请问如何用Forcite模块进行计算请各位大神提供一下思路，先进行哪种计算，然后再进行哪种计算。这个模块我现在会用，主要是不知道如何能计算出比热容，请大神指导，谢谢。

如题，做了一个单轴拉伸的分子动力学模拟，想要分析位错线密度随着应变变化的曲线，初级新手实在是没搞懂，请大佬赐教

虫友好，本人采用分子动力学模拟冶金氧化物体系熔体（为液态体系，非晶态结构，结构类似于玻璃体系）的结构和性质。考虑到很多文献上都采用NVT系综，因此模拟全程采用NVT系综。现在被问选择NVT系综的合理性，请问该如何回答？最好推荐教材或文献等参考材料。

gromacs使用新手，想问下各位有没有用过gromacs进行有机小分子模拟的？不考虑与蛋白结合，只是单纯考虑小分子在有机溶剂中构象的变化，不知道怎么建立除了水之外其他有机的溶剂体系，希望有了解的大神不吝赐教

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