小木虫

跪求，可以计算热力学的如见及教程，如焓变、吉布斯自由能等，各位大神江湖救急啊

做纤维素模拟时，在网上下载了一个cif文件，想从里边提取出纤维素的分子坐标，由分数坐标转换成卡迪尔坐标，怎么转换？可以由cif文件直接转换吗？看了好多方法好像是需要自己写公式，然后编程去实现，请教各位有没有好的方法可以传授一下！跪谢！

大半夜越想越没出路。这可咋整呢

为什么我跑完动力学算出来的相互作用能量达到了几万KJ/mol，最低的时候也有七八千……求各位大神指导下，能量在多少范围内是合理的？（计算公式：E总-Ea-Eb）

分享《分子的模拟与实践》

有对利用分子模拟研究无机卤素钙钛矿材料CsPbBr3或者CsPbI3感兴趣的同学，可以使用以下这个简单的模型试一试（lammps的格式）：CsPbBr3:groupCstype1groupPbtype2groupBrtype3mass1132.9mass220...

建立晶胞的时候那个Entergroup是怎么选择的呢

请问大家lammps能模拟金属与非金属之间的界面问题吗

我想用Lammps求气液，液液的界面张力，公式是这个公式：tension=1/2(Pzz-(Pxx+Pyy)/2)Lz.尝试过多次，始终得不出正确结果。求帮助。谢谢

南科大生物系MDsimulation博士后职位空缺，有兴趣的下面回复即可。

lammps计算出的voronoi数据中原子体积很大，有2910.6的数值正确吗

谁有mac版pymol软件，万分感谢

不定形聚合物，密度可以有很大范围的变化，系统优化后怎么才能查看密度变化呢？

最近在安装这个开源软件，怎么都不成功，有没有熟练的老哥，帮帮忙，另一做什么大家也可以互相交流，取长补短。

《计算机辅助药物设计》指明，“用于构建方程的训练集最好不要超过50个化合物”。个人认为，训练集化合物数量越多越好，像是过拟合等问题，应该从算法找原因，不是训练集过多的问题。为什么qsar的训练集不能过多？谢谢同好们！

本人MS新手最近在模拟hitec盐的径向分布函数但是423K的径向分布函数的峰值比文献上的小这要怎么办呢？求大神么帮帮忙

可代做蛋白-小分子体系分子动力学模拟，schrodinger分子对接等,除提供结果外，可提供对接参数设置以及优化过程。对少于100个分子的分子对接，可提供至少两种以上分子对接软件（薛定谔+MOE或Autodock）的对接结果，以提高可信性。另：单纯只是感兴趣的...

各位老师，我用lammps设置了一个区域，先在区域里塞一种原子，然后再向这个区域里塞另一种原子，这样会不会有产生两种原子坐标重合的可能性？十分感谢

lammps新手想问大家怎么得到粗粒化的聚合物data文件？是输入全原子的data文件，然后通过lammps的命令粗粒化，还是直接用别的软件建模，直接输出的就是粗粒化后的data文件？

大家好，最近在做镁金属对有机物的吸附，在做分子动力学的过程中发现用COMPASS/COMPASSII力场竟然找不到Mg,只有Mg2+和MgO.但是查了官方数据后发现COMPASS力场里是有Mg金属的。请问这是什么情况呀？我用的是MaterialStudio20...

实验室有两台工作站，cpu相同，均没有gpu，只有内存差别，一个256g，一个384g，但是我在两台机器上计算一样的模型速度差别很大，内存高的快很多，但我看计算时，内存占用率并不高，cpu占用率都是一样的，是什么原因呢？慢的那台是不是安装gromacs的时候哪...

一、Lammps基础与原理MD模拟的基本逻辑思路Lammps软件学习框架Lammps研究的几方面重要资源二、In文件的基本逻辑框架、基本命令三、Lammps建模与进阶四、用Lammps模拟具体物理问题（应用中存在的问题）五、用Lammps输出研究所需要的数据信...

求discoverystudio4.5的安装包及安装教程