小木虫

非正版的schrodinger缺了好多模块，还有啥软件好用?

请教大佬们，如果用非平衡分子动力学计算热流时可以在nve和nvt联合下统计热流吗？之前用朗之万热浴统计过，但是看文献也有人用N-H热浴下统计热流，请问是否也可以？

大家好！我想攒一台GPU工作站安装AMBER20和DS用来进行分子模拟研究，看了版块里的帖子和网上的信息，打算买一块新出的RTX3090来用，现在新出的amber20还有一部分工作需要CPU并行运算，DS应该是没有GPU的版本发行，想请教大家CPU要如何选择呢...

求教，我在MS里建了烷烃分子模型，用msi2lmp工具转换为data格式后导入lammps，结果出现了“bondsdefinedbutnobondtypes”问题，我感觉data文件没什么问题呀。网上相关的信息有点少，之前也碰到了类似的问题，但一直没解决，da...

各位老师，大家好！想请教大家一个问题：退火动力学Annealdynamics和淬火动力学Quenchdynamics各有什么优缺点呢？我想模拟的体系是：寻找一个特定添加剂分子在特定晶面上的最佳吸附位点。应该用退火动力学更好，还是淬火动力学更好呢？还望各位老师不...

MS软件Forcite模块做分子动力学计算，报错“Thejobhasfailed.Downloadanyresultsgeneratedsofar”。大神指教这是什么原因？

Sorption模块在通过吸附等温线计算溶解度系数时，纵坐标的单位转化问题。percell如何转化为cm3/cm3我再网上看转化成mmol/g时，是除以吸附剂单胞分子量，再乘以1000。请问除以的吸附剂单胞分子量具体是什么？（是吸附剂的相对分子质量吗）我计算的...

请教一下，计算界面导热系数，想通过scalevelocity的方式施加恒定热流，不知道应该用什么命令，这个方法是lammps源文件example里的HEX例子吗，还是别的方法？MD新手，望多包涵！谢谢～～

求甲烷在PAF中吸附的输入文件（吸附温度298K，吸附压力0.01kPa～100kPa）

结构在x和z方向加了的真空层，进行了deformyz方向的变形并固定了边界的原子用nvt优化，通过thermo_style输出的pyz要怎么处理得出对应的yz方向的切应力？我与不加真空层的结构进行了对比，发现输出的pyz大小差不了多少，所以上述的pyz是否可以...

Lammps已经安装完成，但现在在运行in文件时，一些命令需要的package并没安装，怎样后续安装？？？自己在src文件夹内输入makeyes-MANYBODY，虽然显示安装上了，但在使用命令时仍然显示是未知的style，哪位高手会？？？？小弟求助了

unitsmetaldimension3boundaryffpatom_styleatomicneighbor2.0binneigh_modifyevery1delay5checkyesregionboxblock016901680400create_box2...

想问下大家，我想要计算气液表面张力，模型为气液气盒子。将z方向分块，使用ave/chunk命令输出每块法向力和切向力的差值rk最后加和得到表面张力，但是在气相和液相区域的切向力和法向力波动比较大，特别是气相。该怎么得到稳定的表面张力值？还有就是得到每块的str...

使用autodock进行分子对接使，打开的配体结构化学键错乱（如下图），但在pymol和chimera里面打开是对的，请问是什么原因呢？求助各位，非常感谢！

图书作者:MichaelP.Allen图书标题:ComputerSimulationofLiquids出版社:OxfordUniversityPress出版日期:2017-8-22书籍页数:640书籍格式要求:PDF且可复制ISBN码:978019880320...

各位老师和科研兄弟姐妹们，我想用MS计算水的自扩散系数，但是算的值一直比实验值2.39e-9大两倍左右。计算方法如下。1.Amorphous建立含有500个水分子的体系并进行geometry优化，2.NPT系综，COMPASS力场，控温veolicity-sc...

本人分子模拟入门，目前正在做黏土矿物的模拟，求助用于materialsstudio的clayff力场文件

双一流高校杰青团队的计算模拟方向今年招博士生1-2名，本小组致力于各类无机材料、矿物材料的结构模拟、以及新型矿物材料的微观结构调控和设计，主要涉及无机材料、层状材料、纳米材料、功能材料等，具体研究内容分为两类：1.利用castep、dmol、vasp、dftb...

请教各位大神用Forcite进行几何优化时比较合理的步骤是什么，怎样才能避免陷入局部最小化呢？

新手入门lammps有什么建议吗？目前很懵，查了很多资料软件还是安装不好。