如何利用MS计算水的自扩散系数
各位老师和科研兄弟姐妹们，我想用MS计算水的自扩散系数，但是算的值一直比实验值2.39e-9大两倍左右。计算方法如下。
1.Amorphous建立含有500个水分子的体系并进行geometry优化，
2.NPT系综，COMPASS力场，控温veolicity-scale,控压-berendsen,静电作用-Ewald, VDW-atom based,cut-off为盒子的一半，500ps模拟
3.密度稳定后，切换到NVT系综，控温NHL,非键作用同上，1000ps模拟
4.设置sets后，对XTD进行MSD再计算斜率
不知哪里出了问题，请各位指点一二。
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500ps够么
500ps跑完之后做了RDF，g(r)=1了已经
，
新手求教，请问你解决这个问题了吗？我计算的npt系综之后密度变小，温度升高，算出来的扩散系数也差不多是实验值的两倍。。。请问怎么解决啊