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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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ocbrother

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何利用MS计算水的自扩散系数 已有2人参与

各位老师和科研兄弟姐妹们,我想用MS计算水的自扩散系数,但是算的值一直比实验值2.39e-9大两倍左右。计算方法如下。
1.Amorphous建立含有500个水分子的体系并进行geometry优化,
2.NPT系综,COMPASS力场,控温veolicity-scale,控压-berendsen,静电作用-Ewald,   VDW-atom based,cut-off为盒子的一半,500ps模拟
3.密度稳定后,切换到NVT系综,控温NHL,非键作用同上,1000ps模拟
4.设置sets后,对XTD进行MSD再计算斜率
不知哪里出了问题,请各位指点一二。
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郭同学

金虫 (著名写手)

2楼2020-12-15 20:17:19
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ocbrother

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 郭同学 at 2020-12-15 20:17:19
500ps够么

500ps跑完之后做了RDF,g(r)=1了已经。
3楼2020-12-15 22:00:49
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sswenting

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
新手求教,请问你解决这个问题了吗?我计算的npt系综之后密度变小,温度升高,算出来的扩散系数也差不多是实验值的两倍。。。请问怎么解决啊
4楼2021-04-06 11:13:47
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