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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何利用MS计算水的自扩散系数
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ocbrother

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何利用MS计算水的自扩散系数 已有2人参与

各位老师和科研兄弟姐妹们，我想用MS计算水的自扩散系数，但是算的值一直比实验值2.39e-9大两倍左右。计算方法如下。
1.Amorphous建立含有500个水分子的体系并进行geometry优化，
2.NPT系综，COMPASS力场，控温veolicity-scale,控压-berendsen,静电作用-Ewald,   VDW-atom based,cut-off为盒子的一半，500ps模拟
3.密度稳定后，切换到NVT系综，控温NHL,非键作用同上，1000ps模拟
4.设置sets后，对XTD进行MSD再计算斜率
不知哪里出了问题，请各位指点一二。
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sswenting

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1楼 2020-12-15 14:49:33
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sswenting

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
新手求教，请问你解决这个问题了吗？我计算的npt系综之后密度变小，温度升高，算出来的扩散系数也差不多是实验值的两倍。。。请问怎么解决啊
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4楼2021-04-06 11:13:47
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郭同学

金虫 (著名写手)
500ps够么

发自小木虫Android客户端
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2楼2020-12-15 20:17:19
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ocbrother

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 郭同学 at 2020-12-15 20:17:19
500ps够么

500ps跑完之后做了RDF，g(r)=1了已经。
赞一下 回复此楼
3楼2020-12-15 22:00:49
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