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如何利用MS计算水的自扩散系数 已有2人参与
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各位老师和科研兄弟姐妹们，我想用MS计算水的自扩散系数，但是算的值一直比实验值2.39e-9大两倍左右。计算方法如下。 1.Amorphous建立含有500个水分子的体系并进行geometry优化， 2.NPT系综，COMPASS力场，控温veolicity-scale,控压-berendsen,静电作用-Ewald, VDW-atom based,cut-off为盒子的一半，500ps模拟 3.密度稳定后，切换到NVT系综，控温NHL,非键作用同上，1000ps模拟 4.设置sets后，对XTD进行MSD再计算斜率 不知哪里出了问题，请各位指点一二。 |
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@月只蓝
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厉娜
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郭同学
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