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请教建立不定型盒子失败的原因 已有1人参与
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想建立包含5个有机物分子，100个水分子的不定型盒子，分子用forcite模块优化过，力场为copass，cutoff为12.5，但是总是提示失败，这个应该怎么办了？下面为文件夹内容，但是没看到错误原因，下图为AC模块设置，是不是参数设置错误了？还有一个问题是文件夹里文件的后缀没有了，怎么显示出来？ 感谢各位了。 # Amorphous Cell Construct Input Data # # Run_Name: AC # Molecule_Name: MANY_MOLECULE_SYSTEM # Temperature Density Num_Mols Num_Configs Random_Num_Seed Initial_Density: 298.000000 1.000000 105 1 72489 1.000000 # Liquid_Crystal_Flag: 0 # 2d_Flag a_len b_len c_len: 1 30.670000 10.220000 25.333471 # File_Name_Root: 3PP14Br_cutoff12.5 # AC Method iDiscoNonBondFlag 1 0 # Director Cone_Angle 1.000000 0.000000 0.000000 180.000000 # NSubst Subst_Width Auto_Subst Ring_Check Lookahead Num_Lookahead_Conf Bonds_Per_Step: 1 20.000000 0 1 1 48 1 SMALL_MOLECULE_PARTICIPANTS: Sketch8 5 Sketch9 100 POLYMER_PARTICIPANTS: #BIOSYM dsl 3 # # INPUT FILE FOR DISCOVER GENERATED BY MATERIALS STUDIO AC VERSION 7.0 lappend auto_path $env(BIOSYM)/data/polymer/script # 0. Pre-Minimization # autoEcho off # begin # # #----------------------------------------------------------------- # General setup #----------------------------------------------------------------- cdlConfig peek cpu = 30.0 file = "" # #----------------------------------------------------------------- # Surface restraining potential (ab plane) #----------------------------------------------------------------- axis_restraint 1e+004 0.500000 3 # #----------------------------------------------------------------- # Loop over structures in archive file #----------------------------------------------------------------- set i 1 while {[readFile archive frame = $i filename = $PROJECT.arc ] != ""} \ { echo "\n******************************" echo "Processing frame number $i" echo "******************************\n" # #----------------------------------------------------------------- # Nonbond setup and minimization stage #----------------------------------------------------------------- forcefield nonbond \ +separate_coulomb \ vdw \ summation_method = atom_based \ cutoff = 8.5 \ spline_width = 0.0 \ buffer_width = 0.5 \ coulomb \ summation_method = cell_multipole \ cmm_level = second \ update_width = 1.0 # minimize \ method = steepest iteration_limit = 200 movement_limit = 0.200 \ sd \ convergence = 15.0 \ line_search_precision = 0.1 \ final_convergence = 15.0 # writeFile archive frame = $i incr i 1 } # #  1.png  2.png  3.png |
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