[求助] 请教建立不定型盒子失败的原因 已有1人参与

想建立包含5个有机物分子，100个水分子的不定型盒子，分子用forcite模块优化过，力场为copass，cutoff为12.5，但是总是提示失败，这个应该怎么办了？下面为文件夹内容，但是没看到错误原因，下图为AC模块设置，是不是参数设置错误了？还有一个问题是文件夹里文件的后缀没有了，怎么显示出来？ 感谢各位了。 # Amorphous Cell Construct Input Data # # Run_Name: AC # Molecule_Name: MANY_MOLECULE_SYSTEM # Temperature  Density  Num_Mols  Num_Configs  Random_Num_Seed  Initial_Density: 298.000000 1.000000 105 1 72489 1.000000 # Liquid_Crystal_Flag: 0 # 2d_Flag  a_len  b_len  c_len: 1 30.670000 10.220000 25.333471 # File_Name_Root: 3PP14Br_cutoff12.5 # AC Method  iDiscoNonBondFlag 1  0 # Director Cone_Angle 1.000000 0.000000 0.000000 180.000000 # NSubst  Subst_Width  Auto_Subst  Ring_Check  Lookahead  Num_Lookahead_Conf  Bonds_Per_Step: 1 20.000000 0 1 1 48 1 SMALL_MOLECULE_PARTICIPANTS: Sketch8 5 Sketch9 100 POLYMER_PARTICIPANTS: #BIOSYM dsl 3 # #  INPUT FILE FOR DISCOVER GENERATED BY MATERIALS STUDIO AC VERSION 7.0       lappend auto_path $env(BIOSYM)/data/polymer/script #  0. Pre-Minimization #       autoEcho off #       begin # # #----------------------------------------------------------------- #       General setup #-----------------------------------------------------------------         cdlConfig peek cpu = 30.0 file = "" # #----------------------------------------------------------------- #       Surface restraining potential (ab plane) #-----------------------------------------------------------------         axis_restraint 1e+004 0.500000 3 # #----------------------------------------------------------------- #       Loop over structures in archive file #-----------------------------------------------------------------     set i 1     while {[readFile archive frame = $i filename = $PROJECT.arc ] != ""} \         {           echo "\n******************************"           echo "Processing frame number $i"           echo "******************************\n" # #----------------------------------------------------------------- #       Nonbond setup and minimization stage #-----------------------------------------------------------------         forcefield nonbond \           +separate_coulomb \           vdw \             summation_method = atom_based \             cutoff = 8.5 \             spline_width = 0.0 \             buffer_width = 0.5 \           coulomb \             summation_method = cell_multipole \             cmm_level = second \             update_width = 1.0 #           minimize \             method = steepest iteration_limit = 200  movement_limit = 0.200 \             sd \               convergence = 15.0 \               line_search_precision = 0.1 \               final_convergence = 15.0 #           writeFile archive frame = $i     incr i 1         } # # 1.png 2.png 3.png

回复此楼

» 猜你喜欢

• 考博 已经有4人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复
• 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)