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威少一条龙

新虫 (初入文坛)

[求助] DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件,求助!!! 已有2人参与

从PDB下载的6MJY,蛋白结构和小分子在一组,可以进行后续的动力学处理。自己做的分子对接后,把蛋白结构和构象较好的小分子一起保存为PDB文件,打开后为两个model,用DS进行动力学处理时,比如添加力场和溶剂环境,只能对一个model操作,而不是作为复合体来操作,就无法进行后续动力学分析。

DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件,求助!!!
QQ截图20200709161435.png


DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件,求助!!!-1
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

2楼2020-07-10 18:58:26
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mambo

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你这个pdb文件中配体和受体还是两个分子,不是一个复合物,所以没法进行后续的计算。你只要选中配体,把它拖到受体ID下面就可以了,这样就是一个复合物了。
新的人生,新的起点
3楼2020-08-20 12:20:46
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masochism

新虫 (初入文坛)

你好,我想问下我同源建模出来的结构与配体不在CDR区对接上,而在其他的空腔对接,请问这是什么原因呢?

发自小木虫IOS客户端
4楼2020-11-02 23:04:50
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yibaigui

铁虫 (正式写手)

用pymol 可以直接把两个对象存为一体。其次,可以手动用任何txt编辑工具把.pdb文件里chain name都改成一样的A 链或者都改成B

发自小木虫Android客户端
放松,轻松,
5楼2020-11-27 22:56:59
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主这个问题我在一个微信学术交流群见过。。。需要将两者合并到同一个model里,方法很简单,用文本编辑器打开pdb文件,删掉MODEL和ENDMDL行就行了。
6楼2021-11-26 18:20:20
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cngdkpmg at 2021-11-26 18:20:20
楼主这个问题我在一个微信学术交流群见过。。。需要将两者合并到同一个model里,方法很简单,用文本编辑器打开pdb文件,删掉MODEL和ENDMDL行就行了。

楼主可以百度搜索“微信学术交流群”进群一起学习
7楼2021-11-26 18:23:21
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