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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!!
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威少一条龙

新虫 (初入文坛)

[求助] DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!! 已有2人参与

从PDB下载的6MJY，蛋白结构和小分子在一组，可以进行后续的动力学处理。自己做的分子对接后，把蛋白结构和构象较好的小分子一起保存为PDB文件，打开后为两个model，用DS进行动力学处理时，比如添加力场和溶剂环境，只能对一个model操作，而不是作为复合体来操作，就无法进行后续动力学分析。

DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!!
QQ截图20200709161435.png


DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!!-1
QQ截图20200709161456.png
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1楼 2020-07-10 15:02:17
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
动力学处理是指?

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2楼2020-07-10 18:58:26
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mambo

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你这个pdb文件中配体和受体还是两个分子，不是一个复合物，所以没法进行后续的计算。你只要选中配体，把它拖到受体ID下面就可以了，这样就是一个复合物了。
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新的人生，新的起点
3楼2020-08-20 12:20:46
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masochism

新虫 (初入文坛)
你好，我想问下我同源建模出来的结构与配体不在CDR区对接上，而在其他的空腔对接，请问这是什么原因呢？

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4楼2020-11-02 23:04:50
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yibaigui

铁虫 (正式写手)
用pymol 可以直接把两个对象存为一体。其次，可以手动用任何txt编辑工具把.pdb文件里chain name都改成一样的A 链或者都改成B

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放松，轻松，
5楼2020-11-27 22:56:59
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主这个问题我在一个微信学术交流群见过。。。需要将两者合并到同一个model里，方法很简单，用文本编辑器打开pdb文件，删掉MODEL和ENDMDL行就行了。
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6楼2021-11-26 18:20:20
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cngdkpmg at 2021-11-26 18:20:20
楼主这个问题我在一个微信学术交流群见过。。。需要将两者合并到同一个model里，方法很简单，用文本编辑器打开pdb文件，删掉MODEL和ENDMDL行就行了。

楼主可以百度搜索“微信学术交流群”进群一起学习
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7楼2021-11-26 18:23:21
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