应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!!
71/1返回列表
查看: 3387  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者威少一条龙将赠送您 10 个金币

威少一条龙

新虫 (初入文坛)

[求助] DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!! 已有2人参与

从PDB下载的6MJY，蛋白结构和小分子在一组，可以进行后续的动力学处理。自己做的分子对接后，把蛋白结构和构象较好的小分子一起保存为PDB文件，打开后为两个model，用DS进行动力学处理时，比如添加力场和溶剂环境，只能对一个model操作，而不是作为复合体来操作，就无法进行后续动力学分析。

DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!!
QQ截图20200709161435.png


DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件，求助!!!-1
QQ截图20200709161456.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2020-07-10 15:02:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木翔AI

新虫 (著名写手)
动力学处理是指?

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2020-07-10 18:58:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mambo

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你这个pdb文件中配体和受体还是两个分子，不是一个复合物，所以没法进行后续的计算。你只要选中配体，把它拖到受体ID下面就可以了，这样就是一个复合物了。
赞一下 回复此楼
新的人生，新的起点
3楼2020-08-20 12:20:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

masochism

新虫 (初入文坛)
你好，我想问下我同源建模出来的结构与配体不在CDR区对接上，而在其他的空腔对接，请问这是什么原因呢？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
4楼2020-11-02 23:04:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yibaigui

铁虫 (正式写手)
用pymol 可以直接把两个对象存为一体。其次，可以手动用任何txt编辑工具把.pdb文件里chain name都改成一样的A 链或者都改成B

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
放松，轻松，
5楼2020-11-27 22:56:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主这个问题我在一个微信学术交流群见过。。。需要将两者合并到同一个model里，方法很简单，用文本编辑器打开pdb文件，删掉MODEL和ENDMDL行就行了。
赞一下 回复此楼
6楼2021-11-26 18:20:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cngdkpmg

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cngdkpmg at 2021-11-26 18:20:20
楼主这个问题我在一个微信学术交流群见过。。。需要将两者合并到同一个model里，方法很简单，用文本编辑器打开pdb文件，删掉MODEL和ENDMDL行就行了。

楼主可以百度搜索“微信学术交流群”进群一起学习
赞一下 回复此楼
7楼2021-11-26 18:23:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 威少一条龙 的主题更新
71/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭