求教关于 跨外显子 设计引物的问题
我设计引物从来是按照引物设计原理（网上随便找的一大堆东西），但是我现在很纳闷，关于跨外显子设计引物，这到底是为什么呢？
网上的答案是 可以避免基因组DNA污染，我在想，污染什么了？如果跟的基因组DNA结合的话，如果跨了外显子，肯定是结合不上去的，如果没跨外显子，结合上去了，那么，尽管是基因组DNA扩增，扩增出来的仍然是我需要的序列啊（因为没有含内含子，就没有内含子的序列来捣乱了），跟结合在mRNA上有差么？
而如果我扩增的是 RACE，那么下/上游是通用引物，要扩全mRNA,不管在SP设计在哪，都是一样的
也就是说，跨外显子设计引物，实际上我认为只是在 实时定量PCR里才需要的，因为他们确实要了解，目标基因的mRNA在样本中的表达量，而对于要扩增单基因全长，为克隆基因而PCR的话，是不必跨外显子的，
不知道说的对不对？
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京公网安备 11010802022153号
楼主大概听错了，通常说的是跨越内含子设计引物。就是引物的上下游是在不同的外显子上，如果有genomic DNA污染，PCR出来的必然含有内含子片段，比mRNA批出来的片段要大。
应该就是这个意思吧
跨内含子设计引物 避免来自GDNA的干扰，直接得到cDNA片段
应该是跨内含子。
做real time-PCR时一般是跨内含子，避免与基因组污染。普通克隆基因不避跨。
但做做real time-PCR时，如果增加了DNAseI 消化这一步，也不用设计跨内含子引物
，
恩，单独克隆基因而PCR的话，是不必跨外显子的。
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