应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求教关于 跨外显子 设计引物的问题
101/1返回列表
查看: 1882  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

mynameisuu

[交流] 求教关于 跨外显子 设计引物的问题

我设计引物从来是按照引物设计原理（网上随便找的一大堆东西），但是我现在很纳闷，关于跨外显子设计引物，这到底是为什么呢？


网上的答案是 可以避免基因组DNA污染，我在想，污染什么了？如果跟的基因组DNA结合的话，如果跨了外显子，肯定是结合不上去的，如果没跨外显子，结合上去了，那么，尽管是基因组DNA扩增，扩增出来的仍然是我需要的序列啊（因为没有含内含子，就没有内含子的序列来捣乱了），跟结合在mRNA上有差么？


而如果我扩增的是 RACE，那么下/上游是通用引物，要扩全mRNA,不管在SP设计在哪，都是一样的


也就是说，跨外显子设计引物，实际上我认为只是在 实时定量PCR里才需要的，因为他们确实要了解，目标基因的mRNA在样本中的表达量，而对于要扩增单基因全长，为克隆基因而PCR的话，是不必跨外显子的，


不知道说的对不对？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-09-30 01:12:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mascotte

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
mynameisuu(金币+1):谢谢参与
amisking(金币+2,VIP+0): 9-30 08:24
楼主大概听错了，通常说的是跨越内含子设计引物。就是引物的上下游是在不同的外显子上，如果有genomic DNA污染，PCR出来的必然含有内含子片段，比mRNA批出来的片段要大。
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-09-30 03:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bioxixi

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mascotte at 2009-9-30 03:45:
楼主大概听错了，通常说的是跨越内含子设计引物。就是引物的上下游是在不同的外显子上，如果有genomic DNA污染，PCR出来的必然含有内含子片段，比mRNA批出来的片段要大。

应该就是这个意思吧
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2009-09-30 08:20:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myxrosy

木虫 (小有名气)
不懂~~
回复此楼
4楼2009-09-30 08:28:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guyue2885

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
跨内含子设计引物  避免来自GDNA的干扰，直接得到cDNA片段
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2009-09-30 09:00:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

寒山拾得

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mynameisuu at 2009-9-30 01:12:
我设计引物从来是按照引物设计原理（网上随便找的一大堆东西），但是我现在很纳闷，关于跨外显子设计引物，这到底是为什么呢？


网上的答案是 可以避免基因组DNA污染，我在想，污染什么了？如果跟的基因组DNA ...

应该是跨内含子。

做real time-PCR时一般是跨内含子，避免与基因组污染。普通克隆基因不避跨。
但做做real time-PCR时，如果增加了DNAseI 消化这一步，也不用设计跨内含子引物。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2009-09-30 09:51:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
恩，单独克隆基因而PCR的话，是不必跨外显子的。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2009-09-30 10:53:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuezhen

银虫 (小有名气)
学习学习！
回复此楼
8楼2009-09-30 12:01:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mynameisuu

★ ★
生命核心(金币+2,VIP+0):恭喜楼主自己总结答案！ 10-1 22:05
哎，还是我自己来个回答吧。。

还是要跨内含子的，因为。

1.DNA上的外显子拼成mRNA后貌似还要修饰，也就是说就算是外显子，也不全显，有点要被修饰掉，这样就会多出一点mRNA上没有的序列

第2，GDNA上还可能有失效的同源假基因，这样的话，大小都可能相似，只是没有遗传压力的假基因，让你得到的是完全没有意义的序列。


第一点，我还不确定，但是第二点是肯定无误的。
赞一下(6人) 回复此楼
9楼2009-10-01 10:11:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mynameisuu

哎，还是我自己来个回答吧。。

还是要跨内含子的，因为。

1.DNA上的外显子拼成mRNA后貌似还要修饰，也就是说就算是外显子，也不全显，有点要被修饰掉，这样就会多出一点mRNA上没有的序列

第2，GDNA上还可能有失效的同源假基因，这样的话，大小都可能相似，只是没有遗传压力的假基因，让你得到的是完全没有意义的序列。


第一点，我还不确定，但是第二点是肯定无误的。
赞一下 回复此楼
10楼2009-10-01 10:11:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mynameisuu 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭