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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求教关于 跨外显子 设计引物的问题
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mynameisuu

[交流] 求教关于 跨外显子 设计引物的问题

我设计引物从来是按照引物设计原理（网上随便找的一大堆东西），但是我现在很纳闷，关于跨外显子设计引物，这到底是为什么呢？


网上的答案是 可以避免基因组DNA污染，我在想，污染什么了？如果跟的基因组DNA结合的话，如果跨了外显子，肯定是结合不上去的，如果没跨外显子，结合上去了，那么，尽管是基因组DNA扩增，扩增出来的仍然是我需要的序列啊（因为没有含内含子，就没有内含子的序列来捣乱了），跟结合在mRNA上有差么？


而如果我扩增的是 RACE，那么下/上游是通用引物，要扩全mRNA,不管在SP设计在哪，都是一样的


也就是说，跨外显子设计引物，实际上我认为只是在 实时定量PCR里才需要的，因为他们确实要了解，目标基因的mRNA在样本中的表达量，而对于要扩增单基因全长，为克隆基因而PCR的话，是不必跨外显子的，


不知道说的对不对？
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1楼 2009-09-30 01:12:03
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guyue2885

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
跨内含子设计引物  避免来自GDNA的干扰，直接得到cDNA片段
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5楼2009-09-30 09:00:47
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mascotte

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
mynameisuu(金币+1):谢谢参与
amisking(金币+2,VIP+0): 9-30 08:24
楼主大概听错了，通常说的是跨越内含子设计引物。就是引物的上下游是在不同的外显子上，如果有genomic DNA污染，PCR出来的必然含有内含子片段，比mRNA批出来的片段要大。
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2楼2009-09-30 03:45:43
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bioxixi

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mascotte at 2009-9-30 03:45:
楼主大概听错了，通常说的是跨越内含子设计引物。就是引物的上下游是在不同的外显子上，如果有genomic DNA污染，PCR出来的必然含有内含子片段，比mRNA批出来的片段要大。

应该就是这个意思吧
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3楼2009-09-30 08:20:58
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寒山拾得

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mynameisuu at 2009-9-30 01:12:
我设计引物从来是按照引物设计原理（网上随便找的一大堆东西），但是我现在很纳闷，关于跨外显子设计引物，这到底是为什么呢？


网上的答案是 可以避免基因组DNA污染，我在想，污染什么了？如果跟的基因组DNA ...

应该是跨内含子。

做real time-PCR时一般是跨内含子，避免与基因组污染。普通克隆基因不避跨。
但做做real time-PCR时，如果增加了DNAseI 消化这一步，也不用设计跨内含子引物。
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6楼2009-09-30 09:51:55
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