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分子结构优化之前如何扫描

作者 yangyue5678: 来源: 小木虫 400 8 举报帖子

求助各位大神，我做了个分子结构优化，有条审稿意见是
The studied molecule can present several minina, a scan on the dihedral angle 4-3-10-15 is necessary before proceeding to the other calculations.
请问这个scan要怎么做呢？谢谢大家返回小木虫查看更多

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天天进步啊

在gjf文件里用内坐标，不要用直角坐标，然后用关键词opt=modredundant，末尾加上二面角的扫描范围
paramecium86

具体方法可以看我这个教程的1.10.3节 http://muchong.com/t-14242735-1，具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。

QQ截图20200721091154.png
yangyue5678

引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-21 21:16:31
具体方法可以看我这个教程的1.10.3节 http://muchong.com/t-14242735-1，具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。

QQ截图20200721091154.png
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你好，请问扫描的目的是什么，扫描完之后需要做什么呢？
paramecium86

所谓扫描的意思是高斯按照你设置的变量每隔一个角度或者长度算一次能量然后把它们画成一张图。你可以看到能量随着你扫描的变量变化的曲线这个曲线出现的低点就是可能存在的稳定结构。你把所有可能的稳定结构都做一次结构优化算出来能量比较一下谁高谁低或者用boltzman distribution算算看每一个稳定结构的占比是多少
yangyue5678

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5楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-21 23:01:38
所谓扫描的意思是高斯按照你设置的变量每隔一个角度或者长度算一次能量然后把它们画成一张图。你可以看到能量随着你扫描的变量变化的曲线这个曲线出现的低点就是可能存在的稳定结构。你把所有可能的稳定结构都做 ...

版主的回复对我帮助很大，非常感谢，现在迷惑的是我用B3LYP/6-311G扫描势能在-1992左右，而用b3lyp/lanl2dz扫描的势能在-656左右，基组不同，势能会差异这么大吗？
paramecium86

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6楼: Originally posted by yangyue5678 at 2020-07-22 08:50:01
版主的回复对我帮助很大，非常感谢，现在迷惑的是我用B3LYP/6-311G扫描势能在-1992左右，而用b3lyp/lanl2dz扫描的势能在-656左右，基组不同，势能会差异这么大吗？...

一个是全电子基组一个是赝势基组比较绝对的能量一定是差很多的。而且一般元素周期表前三行的元素不使用赝势基组比如 lanl2dz。而从第四周期开始的元素则不使用6-311G系列。如果你的分子中轻重原子都有那就应该对不同原子使用不同的基组，也就是混合基组。
yangyue5678

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5楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-21 23:01:38
所谓扫描的意思是高斯按照你设置的变量每隔一个角度或者长度算一次能量然后把它们画成一张图。你可以看到能量随着你扫描的变量变化的曲线这个曲线出现的低点就是可能存在的稳定结构。你把所有可能的稳定结构都做 ...

版主，我做的势能扫描如图片，可以直接认为红圈所标注的点就是稳定结构吗？非常感谢


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