你设计引物的那个基因可能会出现很多变体（NCBI） 但无论他们怎么变，他的保守区，即CCDS区都是不变的，因为那是蛋白编码序列，所以设计的引物最好在CCDS区，实在不行或没有变体的情况下就随意。

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你这个是什么引物，一般微生物是设计保守序列的。设计保守序列是因为要保证引物可以正常工作，如果在可变区域设计引物如果要尽可能保留多样性就需要设计更多的引物