计算过渡态的流程
1) 执行低水平的计算找过渡态，如半经验PM3、牛顿-拉弗森法(Newton-Raphson,NR)与准牛顿法(quasi-Newton,QN)、AH方法(augmented Hessian)、RFO法(Rational Function Optimization，有理函数优化)、P-RFO法(Partitioned-RFO)、QA法(Quadratic Approximation，二次逼近)、TRIM法(trust-region image minimization，置信区域镜像最小化)等。由于过渡态二次区域很小（相对于能量极小点来讲），复杂反应过渡态又不容易估计，故对使用者的直觉和经验有一定要求，即便是老手，也往往需要反复尝试。
2) 将第1步得到的过渡态作为初猜，用高级别的方法找过渡态。
3) 在相同水平下对上一步找到的过渡态做振动分析（比如，半经验PM3优化出来的过渡态，并不一定是b3lyp水平下计算的过渡态，只是一个相对比较好的初始猜测结构。如果没有虚频，说明PM3的结构对于你在b3lyp水平下找过渡态没有帮助，你需要重新在b3lyp水平下，重新寻找过渡态），检验是否仅有一个虚频，以及观看其振动模式的动画来考察振动方向是否连接反应物与产物结构。有必要时可以做IRC进一步检验。
4) 为获得更精确的过渡态能量，可使用更高等级方法比如含电子相关的方法计算能量。



个人觉得计算过渡态的难点在于初猜，其他都不难（按程式做便可），请大家谈谈自己的经验。 返回小木虫查看更多