| 查看: 1405 | 回复: 4 | |||
[交流]
计算过渡态的难点在于初猜，其他都不难（按程式做便可）已有3人参与
|
|
计算过渡态的流程 1) 执行低水平的计算找过渡态，如半经验PM3、牛顿-拉弗森法(Newton-Raphson,NR)与准牛顿法(quasi-Newton,QN)、AH方法(augmented Hessian)、RFO法(Rational Function Optimization，有理函数优化)、P-RFO法(Partitioned-RFO)、QA法(Quadratic Approximation，二次逼近)、TRIM法(trust-region image minimization，置信区域镜像最小化)等。由于过渡态二次区域很小（相对于能量极小点来讲），复杂反应过渡态又不容易估计，故对使用者的直觉和经验有一定要求，即便是老手，也往往需要反复尝试。 2) 将第1步得到的过渡态作为初猜，用高级别的方法找过渡态。 3) 在相同水平下对上一步找到的过渡态做振动分析（比如，半经验PM3优化出来的过渡态，并不一定是b3lyp水平下计算的过渡态，只是一个相对比较好的初始猜测结构。如果没有虚频，说明PM3的结构对于你在b3lyp水平下找过渡态没有帮助，你需要重新在b3lyp水平下，重新寻找过渡态），检验是否仅有一个虚频，以及观看其振动模式的动画来考察振动方向是否连接反应物与产物结构。有必要时可以做IRC进一步检验。 4) 为获得更精确的过渡态能量，可使用更高等级方法比如含电子相关的方法计算能量。 个人觉得计算过渡态的难点在于初猜，其他都不难（按程式做便可），请大家谈谈自己的经验。 |
回复此楼» 猜你喜欢
想问一下有没有需要文章但是没时间带学生的研究生导师。
已经有18人回复
-
颜宁:基础研究应顶天立地,立地即从需求端作为问题的出发点,立项背景就是面向真实需求
已经有3人回复
-
发现督导在听课，需要跟TA招呼示意吗？有同学看手机、课件有疏漏算大问题吗？
已经有4人回复
-
催稿后秒拒
已经有6人回复
-
前同事拿我以前未中的国自然标书申请今年的国自然，现在基金委发来调查函
已经有10人回复
-
298求调剂
已经有9人回复
-
申请省自然科学基金，研究区能否是省外区域
已经有13人回复
-
国内科研环境差导致国内科研水平差的根源
已经有3人回复
-
CSC在职申请求问
已经有7人回复
-
家乡二本高校/沿海传统私企，如何抉择？
已经有15人回复
2楼2018-08-14 10:38:27
小虫_sang
铁虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1507.4
- 散金: 55
- 红花: 10
- 帖子: 575
- 在线: 127.3小时
- 虫号: 2747160
- 注册: 2013-10-23
- 性别: GG
- 专业: 物理电子学
3楼2018-08-14 11:31:25
jnnn164楼2018-08-14 14:56:06
5楼2018-08-26 07:48:33
50