大家好！
      问个问题：为什么我计算的均方根位移不增加？
      我计算的是块体金属Ir在300 K时的均方根位移，使用lammps中的 “compute  msd all msd com yes”命令，发现均方根位移不随时间增加，而是随时间周期性震荡。这是什么原因呢？
      我的in文件和log文件结果如下：
units                metal
boundary        p p p

atom_style        atomic
lattice                fcc 1

read_data   irrh0
change_box all triclinic

pair_style  eam/fs
pair_coeff  * * lmpdensity20bei10001hang.eam.fs Ir Rh

velocity    all create 300 49280 rot yes dist gaussian
thermo      1000
timestep    0.001
fix         1 all npt temp 300 300 0.1 x 0.0 0.0 0.5 y 0.0 0.0 0.5 z 0.0 0.0 0.5 yz 0.0 0.0 0.5 xz 0.0 0.0 0.5 xy 0.0 0.0 0.5 couple none drag 1.0                                                                                          
run             10000

compute         msd all msd com yes
variable        twopoint equal c_msd[4]/4/(step*dt+0.001*10000)
fix             9 all vector 10 c_msd[4]
variable        fitslope equal slope(f_9)/4/(10*dt)

thermo_style        custom step temp c_msd[1] c_msd[2] c_msd[3] c_msd[4] v_twopoint v_fitslope

run                100000


log文件结果（具体log文件见附件）：
Step Temp msd[1] msd[2] msd[3] msd[4] twopoint fitslope
   10000    301.89843 2.8290524e-30 2.5890064e-28 6.3875821e-32 2.6179357e-28 3.2724196e-30      2.5e+21
   11000    297.42552 0.0056587552 0.0054356323 0.0050417289  0.016136116 0.00019209662 0.0077686093
   12000    301.84951 0.0060977739 0.0049348668 0.0052455045  0.016278145 0.00018497892 0.0040012759
   13000    300.04116 0.0070037489 0.0048961463 0.0052273452   0.01712724 0.00018616566 0.0026591218
   14000    298.23623 0.0079874161 0.0056067162 0.0054528389  0.019046971 0.00019840595   0.00206093
   15000    299.69843 0.0062998502 0.0049096236 0.0053625497  0.016572024 0.00016572024 0.0016898664
   16000    300.07968 0.0056144742 0.0052758157 0.0047723182  0.015662608  0.000150602 0.0013932409
   17000    301.45262 0.0079681822 0.0052612288 0.0050407475  0.018270158 0.00016916813 0.0011904743
   18000    301.80347 0.0060978238  0.004971777 0.0051563989     0.016226  0.000144875 0.0010402451
   19000    301.66477 0.0072145951 0.0054426425  0.005095153  0.017752391 0.00015303785 0.00092011832
   20000    299.61863  0.007698821 0.0052012635 0.0054214609  0.018321545 0.00015267955 0.00083398482
   21000    300.68272 0.0063881825 0.0051862235 0.0054230375  0.016997444 0.00013707616 0.00076503599
   22000    298.83271 0.0047736189 0.0053384006 0.0049477729  0.015059792 0.00011765463 0.00069937582
   23000    300.45892 0.0056389628 0.0050950377 0.0049827681  0.015716769 0.00011906643 0.00064221439
   24000    303.62227  0.007398674 0.0049974266 0.0052721434  0.017668244 0.00012991356 0.0005965328
   25000    299.84307 0.0061494073 0.0054771373 0.0049857567  0.016612301 0.0001186593 0.00055533919
   26000    301.55517  0.007299623 0.0051771214 0.0052031874  0.017679932 0.0001227773 0.00052056641
   27000    298.26732 0.0069209022 0.0055738288 0.0056839288   0.01817866 0.00012282878 0.00049250409
   28000    300.08814 0.0062397018 0.0052447814  0.005098513  0.016582996 0.00010909866 0.00046449839
   29000    300.14209  0.006982715   0.00503399 0.0050015016  0.017018207 0.00010909107 0.00043842533
   30000    300.75248 0.0055341589 0.0055658925 0.0053996513  0.016499703 0.00010312314 0.00041711989
   31000    296.53093 0.0061001289 0.0050080568 0.0048483889  0.015956575 9.7296186e-05 0.00039695961
   32000    299.87248 0.0073760041 0.0050354061 0.0050429774  0.017454388 0.00010389516 0.0003791721
   33000    299.66484 0.0073484239 0.0053788324 0.0057623046  0.018489561 0.00010749745 0.00036459916
   34000    300.07601 0.0049186558 0.0051259282 0.0052348453  0.015279429 8.6814939e-05 0.00034930673
   35000    299.87286 0.0064086615 0.0061884715  0.004877802  0.017474935 9.7082973e-05 0.00033460758
   36000    299.84434 0.0066646094 0.0048294909 0.0053159849  0.016810085 9.1359159e-05 0.00032165627
   37000    297.91899 0.0061680714 0.0050030814  0.004837319  0.016008472 8.5151446e-05 0.00030928358
   38000    300.91479 0.0071706309 0.0054941004 0.0049346768  0.017599408 9.1663584e-05 0.00029844342
   39000    300.44247 0.0078278338  0.005059229 0.0054810804  0.018368143 9.3715016e-05 0.00028909774
   40000    301.09965  0.005983152 0.0057060163 0.0052567033  0.016945872 8.4729358e-05 0.00027969696
   41000    301.70082  0.005213601 0.0049187698  0.004959821  0.015092192 7.3981333e-05 0.00027014223
   42000    301.19422 0.0054678732  0.004984567  0.005088072  0.015540512 7.4714001e-05 0.00026132728
   43000    300.91401 0.0052599669 0.0051724485 0.0048738762  0.015306292 7.2199489e-05 0.00025320055
   44000    302.05789 0.0070400607 0.0048502342 0.0050042656   0.01689456 7.8215558e-05 0.00024557821
   45000    298.97062  0.007746407 0.0050231401 0.0056500479  0.018419595 8.3725432e-05 0.0002390822
   46000    300.05007 0.0051977939 0.0055103185 0.0055031092  0.016211222 7.2371525e-05 0.00023282463
   47000     299.4236 0.0048297706 0.0047548567 0.0048374515  0.014422079 6.3254732e-05 0.00022611616
   48000    301.05959 0.0062508005 0.0056532827 0.0053117831  0.017215866 7.420632e-05 0.00021994267
   49000    298.22135 0.0055343483 0.0050281565 0.0048554094  0.015417914 6.5330145e-05 0.00021424059
   50000    300.80348 0.0064247985 0.0048178211 0.0050688606   0.01631148 6.7964501e-05 0.00020867841
   51000    296.95482 0.0075531567 0.0057532794 0.0059831052  0.019289541 7.9055497e-05 0.00020409138
   52000    300.04882 0.0057057603 0.0049493562 0.0057273017  0.016382418 6.6058138e-05 0.00019960339
   53000    304.99884 0.0057889852 0.0052041512 0.0051179738   0.01611111 6.3932977e-05 0.00019475509
   54000    300.80813 0.0062859607 0.0053011765 0.0050725702  0.016659707 6.5076982e-05 0.00019031833
   55000    300.25049 0.0088046465 0.0051237551 0.0050964652  0.019024867 7.3172564e-05 0.00018609576
   56000    300.91853 0.0067657153 0.0054476446  0.004765334  0.016978694 6.4313234e-05 0.00018195944
   57000    298.92289 0.0070387719  0.005045254 0.0052889377  0.017372964 6.4824491e-05 0.00017829227
   58000     302.3328 0.0059156097 0.0050074463 0.0058129192  0.016735975 6.1529321e-05 0.00017477277
   59000    303.56617  0.005638244 0.0051978321 0.0048559013  0.015691977 5.685499e-05 0.00017103567
   60000    298.85958 0.0063556119 0.0053571167 0.0049554058  0.016668134 5.9529051e-05 0.00016740028
   61000    298.97054 0.0056809854 0.0054287363 0.0051406352  0.016250357 5.7219567e-05 0.00016403003
   62000     299.8487 0.0060650946 0.0053198497 0.0049653914  0.016350336 5.6771999e-05 0.00016078662
   63000    298.79745 0.0072017075 0.0050468402 0.0053879308  0.017636479 6.0398899e-05 0.00015779035
   64000    298.52725 0.0065339645 0.0052869974 0.0060880706  0.017909033 6.0503488e-05 0.00015510154
   65000     299.0601 0.0048691658 0.0049442197 0.0053330828  0.015146468 5.0488228e-05 0.00015223456
   66000    304.27773  0.005227859 0.0047804533 0.0047017478   0.01471006 4.8388356e-05 0.00014928503
   67000    298.60406 0.0055386438 0.0050697796 0.0051916612  0.015800085 5.1298976e-05 0.00014665091
   68000    294.77097 0.0068714679 0.0048023858 0.0051835387  0.016857392 5.4030104e-05 0.00014400882
   69000    301.01698 0.0071880926 0.0052064358 0.0051995217   0.01759405 5.5677374e-05 0.00014154834
   70000    297.98589 0.0070270906 0.0050506417 0.0058015154  0.017879248 5.5872649e-05 0.00013938726
   71000    299.43637  0.006461771 0.0049475992  0.005186069  0.016595439 5.1220491e-05 0.00013706437
   72000    298.46606 0.0073150955  0.005392429 0.0049643888  0.017671913 5.3877784e-05 0.00013475848
   73000    301.59174 0.0058575857  0.004875961 0.0049376851  0.015671232 4.7202505e-05 0.00013263855
   74000    302.43501 0.0055100482 0.0048817303 0.0049516749  0.015343453 4.566504e-05 0.00013043447
   75000    299.22423 0.0068288818 0.0055293058 0.0051719773  0.017530165 5.1559309e-05 0.00012844652
   76000    297.28429  0.007069468  0.005203601 0.0056469038  0.017919973 5.2092944e-05 0.00012662826
   77000    297.08123 0.0061076845 0.0053248595 0.0055070034  0.016939547 4.867686e-05 0.00012475979
   78000    301.02881 0.0057644528 0.0047521723 0.0049413534  0.015457978 4.3914712e-05 0.00012291269
   79000    299.15898 0.0065242747 0.0048221239  0.005114398  0.016460797 4.6238192e-05 0.00012113719
   80000    299.17317 0.0056670981 0.0056201812 0.0048883185  0.016175598 4.4932216e-05 0.00011933602
   81000    295.82973 0.0077252212 0.0045996787 0.0050737996  0.017398699 4.7798625e-05 0.00011769021
   82000    297.61492 0.0073337206 0.0050115039  0.005623591  0.017968815 4.8828303e-05 0.0001161671
   83000    301.18737 0.0064195266 0.0051314681 0.0052360076  0.016787002 4.512635e-05 0.00011465058
   84000    297.58204 0.0064266142   0.00470375 0.0047966194  0.015926984 4.2358999e-05 0.00011305679
   85000    301.92668 0.0066293484   0.00564057 0.0050907555  0.017360674 4.5685984e-05 0.00011161073
   86000    298.97242 0.0051731846 0.0049469084 0.0046981204  0.014818214 3.8589098e-05 0.0001101049
   87000    299.56973 0.0067744293 0.0047183529 0.0051869596  0.016679742 4.2989025e-05 0.00010863311
   88000    300.18744 0.0076201293 0.0053130539 0.0060045202  0.018937703 4.8310468e-05 0.00010736296
   89000    302.77351 0.0053788508 0.0050013357 0.0055387726  0.015918959 4.0199392e-05 0.00010603751
   90000    300.82973 0.0054375773 0.0054304414 0.0051943992  0.016062418 4.0156045e-05 0.00010464501
   91000    299.99311 0.0076417013  0.005178455 0.0053530656  0.018173222 4.4983223e-05 0.00010338704
   92000    302.04881  0.005428566 0.0048461922 0.0046507396  0.014925498 3.6582102e-05 0.00010207711
   93000    298.95524 0.0068301059 0.0056344797 0.0049680145    0.0174326 4.2312136e-05 0.00010079171
   94000    295.46411 0.0072494516 0.0051635885 0.0054999338  0.017912974 4.3060033e-05 9.9674907e-05
   95000    299.81099 0.0054141667 0.0049052212 0.0055957441  0.015915132 3.7893171e-05 9.853555e-05
   96000    297.71331  0.005077124 0.0053964101 0.0049655797  0.015439114 3.6413004e-05 9.7375386e-05
   97000    300.63632 0.0078719911   0.00520438 0.0054411566  0.018517528 4.3265252e-05 9.6264624e-05
   98000    298.97708 0.0047826843 0.0052480462  0.004992146  0.015022876 3.4775177e-05 9.5129667e-05
   99000     295.7821 0.0060173991 0.0049712524 0.0052657476  0.016254399 3.7280732e-05 9.4004765e-05
  100000    299.60525 0.0075057344 0.0050236901  0.005305359  0.017834784 4.0533599e-05 9.2971842e-05
  101000    298.74362  0.006510655 0.0053273215  0.005400958  0.017238934 3.8826429e-05 9.2000182e-05
  102000    302.35778 0.0046330963 0.0048327217 0.0049176211  0.014383439 3.2105891e-05 9.0958877e-05
  103000    300.93311 0.0051896854 0.0049992797 0.0053868911  0.015575856 3.4459859e-05 8.9937122e-05
  104000    296.48185 0.0055887292 0.0052950405  0.004855635  0.015739405 3.4516238e-05 8.8958987e-05
  105000    294.55858  0.006060387 0.0051071599 0.0051691074  0.016336654 3.5514466e-05 8.7953279e-05
  106000    299.39832 0.0071706577 0.0053263969  0.005378465   0.01787552 3.8524827e-05 8.7054319e-05
  107000    293.74344 0.0063445553  0.004893631 0.0055199519  0.016758138 3.5807987e-05 8.6211446e-05
  108000    299.66338 0.0052864881 0.0048236316 0.0053303682  0.015440488 3.2712898e-05 8.5292749e-05
  109000     299.9327 0.0065405297 0.0053890281 0.0051594737  0.017089031 3.5901327e-05 8.4408783e-05
  110000    301.82442 0.0072875544 0.0048005117 0.0049638849  0.017051951 3.5524898e-05 8.3545512e-05

 返回小木虫查看更多