看过这种人为的去移动原子坐标去消除虚频的方法。
就我看到的是，在弛豫后的到的原子坐标加上微小的位移：x+0.3x。我想其原理就是，原来弛豫后优化的结构没有达到一个最稳定的状态，因此去移动原子，使得它达到一个稳定的结构，从而消除虚频。
然而这样的方法非常难，往往移动原子之后是产生一大片的虚频。
楼主问到，具体到是由哪个坐标对应产生虚频，似乎VASP+phonopy的方法是看不到的？ 当然 如果最后楼主知道如何看是哪原子产生虚频 ，还望告之。

移动原子的最好方法是优化晶包

而不是什么x+0.3x

你用什么方法算的，有木有图？