marker没问题，跑的清晰。样本浓度测了吗？

第一个应该没有问题。可能上样量太大了。浓度太大，也可以选扩少几个循环，或是预扩少点，选扩后一定要跑琼脂糖，只要有明显主带在1000以下，跑大板应该没有问题，太大了跑不开。
内切酶要选常用的，切出带多的。
洗板的水要干净。二甲苯菁可以少加点，尽量使loading buffer里少引入杂质。
MARKER尽量找个专门用于尿素聚丙烯酰胺胶的。这样可以排除是PCR或是操作的问题。

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谢谢您的回复，这几天考试，刚看见，就是相同的实验条件有的时候跑的好有时候跑的就不好我也不知道为什么，我一般选扩体系20ul然后加8ul loading buffer ,我是浓度为6的胶，70w跑2个小时左右，2*TBE,而且最近跑的板子感觉条带与条带之间不清晰，根本没办法读板子 ，之前用相同的方法，都好好的最近不知道为什么出现问题