细菌16S通用引物为什么会扩增出叶绿体呢？
在进行高通量测序的时候，使用了细菌的通用引物（338F 5'- ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3'和806R 5'- GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3'），为什么会扩增出叶绿体的序列呢？不是针对细菌的引物么？难道叶绿体的序列与细菌相似？
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比如蓝细菌
亲，你解决了嘛，有同样的问题TT
细菌的16SrRNA通用引物是有可能扩出来动物或者植物的核糖体RNA的，所以这不是啥稀罕事
植物的叶绿体中有4种rRNA(23S、16S、4.5S及5S），所以用16S的通用引物的话，可以将叶绿体的扩增出来。
其实不光叶绿体中有16S，线粒体中也有16S。
已经有文献进行了报道。
如果你的样本是叶片、茎部等含有叶绿体的样本，建议用特殊的引物，可以避开叶绿体。
你可以看一下相关文献。
A PCR-based toolbox for the culture-independent quantification of total bacterial
abundances in plant environments，