【已解决】如何非周期替换原子
有Fm-3m（225号）结构的镍晶体，现在想在Ni中添加Co，配比为1:1。检查了ICSD，结构还是Fm-3m，并且每一个(0,0,0)位置上，Co和Ni出现的几率完全一样。
虽然用虚晶的方式可以很方便的建立模型，但是虚晶状态下，很多计算无法进行。
所以现在想通过计算，找到一个Co-Ni最低能量时的结构作为稳定结构继续后面的模拟计算。但是这时问题出来了~比如考虑同类原子尽量分散，可以有这样的结构：
可是如果替换，则会把所有的Ni都替换为Co。即使Make P1后，改变一个顶角Ni，所有顶角都会变为Co~同样的，如果改变一个面心Ni，所有面心也会变成Co……
再然后又考虑在白板上直接计算原子的坐标位置，使用Add Atom的方法建立一个同样结构的原子堆积：
却又因为不是周期结构，无法进行CASTEP的结构优化，事实上是显然不能使用任何CASTEP的计算……而用DMol3计算时，意外发现D版的MS 4.3居然也会DMol3过期……相当无语……
呃~又扯背景扯多了……中心意思是~如何能够彻底取消一个晶体结构中的对称性，做到想修改哪个原子的元素就修改哪个呢……在MS中还有没有希望做到呢……
[ Last edited by souledge on 2010-5-14 at 23:23 ]
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京公网安备 11010802022153号
八个顶点上是同一个原子的周期镜像，当然同时被替换了！
简单的说，比如简单立方吧，单胞中只有一个原子，虽然显示上看有八个顶点，但每个顶点被八个立方胞分享，因此每个单胞还是一个原子的。对于这样一个原子的原胞，你若替代必然体系中所有原子都同时改变。想强迫这“八个原子”其中的某个改变是不可能的，因为模型中只有一个原子，不可能实现取代1/8个原子。若想实现1/8的取代比例，只有将8个单胞组合成超胞再替代其中的一个原子。
至于面心，如果make p1，那么改变一个面心原子，在“视觉”上会同时改变两个面心原子。因为这两个实际上是同一个原子（与顶点类似，每个面心原子被两个立方胞共享，因此虽然视觉上体系有六个面心原子，实际单胞内只有三个面心原子）
至于所说的add原子的方法，那么不是建立晶体了，而是原子团簇，应该不是你所需要的
另外虚晶近似可以用CASTEP实现，至于准确性嘛，看文献介绍吧。
另外DMol如果提示过期，而不是提示版权的问题，那么是补丁的问题，去MS官网下个4.3的补丁安装上就可以了，但还是那句话，那样建立的是团簇，应该不是你需要的
[ Last edited by acridine on 2010-5-14 at 05:22 ]，
把晶胞建大点，，这么小，，，当然容易重复了
感谢二楼的提醒。之前一直觉得超胞太大，看着眼晕，也没有很详细的修改思路，所以也没尝试。在二楼提醒下，突然意识到了空间群还有个平移对称问题，所以利用这个特点，就成功建立了一个交错的Ni-Co结构了~虽然这个结构过分理想，够呛现实存在，但是毕竟还是提供了一个解决思路。
最后，上图：
CASTEP 中的分子动力学算法不能在虚晶体系中实现，布局分析、晶格振动特性（声子态密度等）、光学性能无法计算，CASTEP 几何优化中的Damped-MD算法无法实现，还有什么其他的算不了吗？
另外虚晶近似是否靠谱？感觉很神奇。
[ Last edited by dxcharlary on 2011-9-25 at 22:53 ]
顶点肯定是一样的的，（0，0，0）（1，0，0）。。。这些点是等价的，你改一个，肯定是全改的。
你好，我想建立Cr-Ge 的模型，
也就是一层Ge，一层Cr 然后再一层Ge （在Ge上掺杂Cr） 感觉和你的交错的Ni-Co结构类似。
想请问下，这个结构要怎么构建？已经苦恼了很久了，望能教下详细步骤， 本人新手刚接触MS。不太会用，谢啦