如何确定mRNA的非编码区
RACE后测序、拼接、获得全长;获得的序列在NCBI比对确定为目标基因。
测序得到了几条序列,其3’端均有a尾,但a尾后序列不同;通过DNAstar能基本确定其ORF和cDNA序列。
问题是:若要以DNA为模板,扩增目标基因全长(包括5‘/3’ -UTR和CDS),根据已获得的mRNA序列如何设计引物? 返回小木虫查看更多
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RACE后测序、拼接、获得全长;获得的序列在NCBI比对确定为目标基因。
测序得到了几条序列,其3’端均有a尾,但a尾后序列不同;通过DNAstar能基本确定其ORF和cDNA序列。
问题是:若要以DNA为模板,扩增目标基因全长(包括5‘/3’ -UTR和CDS),根据已获得的mRNA序列如何设计引物? 返回小木虫查看更多
若要以gDNA为模板,在不知道内含子在何处的情况下,我以前的做法就是把基因编码区的头(起始密码子开始)和尾(终止密码子开始)分别作为上下游引物的结合位点,因为这两个位置肯定是外显子的一部分,呵呵
至于5‘、3’-UTR,测出CDS序列后再反向PCR找两端
谢谢!在此请教:RACE扩增获得的cdna序列会得到很多个ORF,但怎么确定哪个是基因的cds?
我将dna翻译成aa,到终止符号位置,看翻译的哪段序列最大,再blast比对。但对于aa序列大小接近的,如何确定cds?非翻译区
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请问 cDNA的反向PCR怎么做?谢谢