我一般是用lammps输出dcd格式的文件，然后用fortran读取和分析。或者用lammps输出xtc格式的，然后用gromacs里的分析工具进行分析（如果你想计算的性质在gromacs里面有的话）

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2楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-12 08:29:47
我一般是用lammps输出dcd格式的文件，然后用fortran读取和分析。或者用lammps输出xtc格式的，然后用gromacs里的分析工具进行分析（如果你想计算的性质在gromacs里面有的话）

感谢您的回复！

试了下用VMD读取dcd格式，速度的确比lammpstrj格式快的多。
matlab中也有fread等函数可用于读取二进制文档。
简单查了一下，dcd是一种单精度的二进制Fortran文档。

对于lammpstrj文档，可以看出它的结构，每一帧前几行描述了这帧数据的总体情况，后面每一行依次是原子编号，原子类型编号，x、y、z坐标（标定/未标定）
但是dcd文档的结构是怎样的？查了lammps、charmm、NAMD的手册，都没找到具体说明
用fread函数，换不同的格式读取了前几个数据，都没有与lammpstrj文档中的数据对应的



请问我应该怎么去读取dcd文档呢？
可否简单说明一下，或者给个示例程序
，

引用回帖:

3楼: Originally posted by 1172756222 at 2017-05-13 11:18:45
感谢您的回复！

试了下用VMD读取dcd格式，速度的确比lammpstrj格式快的多。
matlab中也有fread等函数可用于读取二进制文档。
简单查了一下，dcd是一种单精度的二进制Fortran文档。

对于lammpstrj文档 ...

dcd因为是二进制的，所以无法直接打开，一般只包括体系box的大小和粒子的坐标，用fortran读取的话，可以参考这个网页，http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... ReadingDCDinFortran

python 写的 pizza.py  慢只能说明你写的代码不够优化

fortran

引用回帖:

4楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-13 13:11:57
dcd因为是二进制的，所以无法直接打开，一般只包括体系box的大小和粒子的坐标，用fortran读取的话，可以参考这个网页，http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/index.cgi?ReadingDCDinFortran...

找到了matlab读取dcd的程序包http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/matdcd/

引用回帖:

7楼: Originally posted by 1172756222 at 2017-05-13 20:00:32
找到了matlab读取dcd的程序包http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/matdcd/...

好的，多谢分享。