关于APBS计算结合自由能的问题
本人一新手,想计算抗原抗体的结合自由能。想采用APBS进行计算,但是官网上的关于binding energy的教学我不是很懂。其中有一点是用APBS的coulomb这个插件进行计算,我想问使用什么样的软件可以调用这个插件?之前我试过pymol,但是只能计算表面静电势。哪位大神能够解答我的问题呢,谢谢。
http://www.poissonboltzmann.org/examples/binding_energies/#topcall 返回小木虫查看更多
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apbs计算的并不是完整的binding energy,只是其中一部分。可以见这篇科学网但博文
完整的计算方法叫mm/pbsa(或者其变体mm/gbda),需要先跑分子动力学,然后杂合计算。可以用Amber软件,这个很多人用,不过收费,不过不贵;或者用免费的Gromacs,以及第三方开发的mm/pbsa计算程序,比如GMXPBSA或者gmmpbsa,可以参见博文,
3楼中是“然后再计算”,不是“杂合”,打错了。