Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.错误
我做一分子动力学模拟的作业,输入文件如下
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p uff admp=(stepsize=2000,maxpoints=50)
opt
0 1
C -3.29066264 -0.09035370 -0.00118279
H -2.75749889 -1.01805862 -0.00118279
H -4.36066264 -0.09035370 -0.00118279
C -2.61538833 1.08462360 -0.00118279
H -3.14855207 2.01232852 -0.00118279
C -1.07538833 1.08462360 -0.00118279
H -0.54222458 1.70730215 0.68650016
C -0.39314493 0.29868186 -0.86917275
H 0.62253821 0.03291952 -0.66263427
C -1.07467532 -0.21324751 -2.15176569
H -0.98893531 -1.24391825 -2.42611303
C -1.78264268 0.63716208 -2.93416763
H -2.78904276 0.40247595 -3.21162268
C -1.13646954 1.94580073 -3.42561971
H -1.75482230 2.76076281 -3.73927030
C 0.21264455 2.06876172 -3.46220936
H 0.68349045 2.95206144 -3.08407480
C 1.07100880 0.93330175 -4.05003711
H 1.97863923 0.64405219 -3.56275722
C 0.68076278 0.29918632 -5.18236776
H -0.22586389 0.58401219 -5.67410175
H 1.28133147 -0.48901153 -5.58605253
最后显示错误为
Number 701 989 993 997 998
Base 89271 46842 66842 67042 67512
End 100194 66842 67042 67512 67712
End1 100194 66842 67042 67512 67712
Wr Pntr 100194 66842 67042 67512 67712
Rd Pntr 89271 46842 66842 67042 67512
Length 10923 20000 200 470 200
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 65536 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base 40448
End 65536
End1 65536
Wr Pntr 40448
Rd Pntr 40448
Length 25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
查了一些帖子,有说是磁盘空间不够,我想应该不至于吧。有的说是chk文件找不到,我压根就没有需要读取chk嘛,所以应该也不是这种错误吧。求高手指点,以解我心中迷惑。相应的log在附件中。
我猜是不是我用分子力场方法计算,输入格式不对?应指定原子的杂化类型?
你没有指定chk文件,在输入文件开头应该要加一行
%chk=abc
abc是你指定的文件名
无论你要不要从chk文件读东西,总要指定的...
%chk=cis-cis-uff
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p uff admp=(stepsize=2000,maxpoints=2000)
opt
0 1
C-C_R -3.29066264 -0.09035370 -0.00118279
H-H_ -2.75749889 -1.01805862 -0.00118279
H-H_ -4.36066264 -0.09035370 -0.00118279
C-C_R -2.61538833 1.08462360 -0.00118279
H-H_ -3.14855207 2.01232852 -0.00118279
C-C_R -1.07538833 1.08462360 -0.00118279
H-H_ -0.54222458 1.70730215 0.68650016
C-C_R -0.39314493 0.29868186 -0.86917275
H-H_ 0.62253821 0.03291952 -0.66263427
C-C_R -1.07467532 -0.21324751 -2.15176569
H-H_ -0.98893531 -1.24391825 -2.42611303
C-C_R -1.78264268 0.63716208 -2.93416763
H-H_ -2.78904276 0.40247595 -3.21162268
C-C_R -1.13646954 1.94580073 -3.42561971
H-H_ -1.75482230 2.76076281 -3.73927030
C-C_R 0.21264455 2.06876172 -3.46220936
H-H_ 0.68349045 2.95206144 -3.08407480
C-C_R 1.07100880 0.93330175 -4.05003711
H-H_ 1.97863923 0.64405219 -3.56275722
C-C_R 0.68076278 0.29918632 -5.18236776
H-H_ -0.22586389 0.58401219 -5.67410175
H-H_ 1.28133147 -0.48901153 -5.58605253
输入文件改为如上,错误还是一样的
,
把uff换成int=am1就能算下去,我只能说这可能与方法有关,你可以查一下uff具体的用法和admp的用法,至于那个错误只知道与文件读写出错有关,这方面我也不懂还是等待高手或者靠你自己了
您好,我也遇到了跟您类似的问题,能不能说一下您是怎么解决的呢?虽然帖子时间有点长了,但是如果记得的话,还麻烦您帮帮忙!谢谢!
你好,这个问题后来我就没有研究了,实在不记得最后是什么情况。建议你先试试前面一些答复的方案