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Doge Ku

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】菌液Pcr 阳性率很低,载体双酶切后不彻底? 已有2人参与

研一小菜鸟一枚。上个月带我的老师让我构建7个载体。现在已经构建出6个,剩下一个做了几次都没做出来。目的片段大小1.3Kb,载体为5Kb。用的是neb的EcorI和EcorV双酶切,两个酶切位点之间间隔大约750Kb。目的片段用的是neb BsmBI和EcorV酶切。载体酶切体系试过20微升和50微升,载体量分辨是1微克和2微克。目的片段全部酶切,用的是50微升体系。跑胶回收时,能看一条5Kb和一条750bp的条带。连接用的是neb的T4,10微升体系,16度过夜。目的片段的浓度是20纳克每微升,载体也是。两者摩尔比为1:8。 结合前面6次阳性率很低的经验,我在连接时做了一个对照,用已经回收的双酶切的载体不加目的片段连接,之后做转化。发现对照组长满了菌。酶切这个步骤已经重复两次了,但依然如此。我试着调了16个菌落做菌液pcr,但全部为阴性。请问各位大牛怎么看?
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bigbang飒

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

载体比片段弄反了吧,应该是片段比较多

发自小木虫Android客户端
4楼2016-04-29 09:35:42
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kingjazz23

金虫 (小有名气)

你好 可不可以先告诉我构建的完整过程 我也是做这方面的 现在做到了摇菌 之前做了个菌落PCR 摇完菌打算提质粒测序做酶切 想问问后面的步骤是什么 就是我做完酶切后还要做什么步骤

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-04-13 15:54:58
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showhand

新虫 (初入文坛)

是不是培养基抗性失效了啊,不然怎么对照都长很多菌落

发自小木虫Android客户端
3楼2016-04-28 09:18:06
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先,EcorI切出来是粘性末端,BsmBI切出来是平末端,不是同尾酶本来就连不上;虽然另一端都是EcorV,但连接效率依然会很低,或者说会比自连的概率都低很多。双酶切,还是老老实实用同样的酶或同尾酶吧。
其次,应该是插入片段多,载体少,我自己做时是 插入:载体=10:1
5楼2016-04-29 16:48:52
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