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【求助】菌液Pcr 阳性率很低,载体双酶切后不彻底?
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Doge Ku
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应助: 0
(幼儿园)
金币: 18
帖子: 4
在线: 7小时
虫号: 4067057
注册: 2015-09-12
专业: 兽医免疫学
[
求助
]
【求助】菌液Pcr 阳性率很低,载体双酶切后不彻底?
已有2人参与
研一小菜鸟一枚。上个月带我的老师让我构建7个载体。现在已经构建出6个,剩下一个做了几次都没做出来。目的片段大小1.3Kb,载体为5Kb。用的是neb的EcorI和EcorV双酶切,两个酶切位点之间间隔大约750Kb。目的片段用的是neb BsmBI和EcorV酶切。载体酶切体系试过20微升和50微升,载体量分辨是1微克和2微克。目的片段全部酶切,用的是50微升体系。跑胶回收时,能看一条5Kb和一条750bp的条带。连接用的是neb的T4,10微升体系,16度过夜。目的片段的浓度是20纳克每微升,载体也是。两者摩尔比为1:8。 结合前面6次阳性率很低的经验,我在连接时做了一个对照,用已经回收的双酶切的载体不加目的片段连接,之后做转化。发现对照组长满了菌。酶切这个步骤已经重复两次了,但依然如此。我试着调了16个菌落做菌液pcr,但全部为阴性。请问各位大牛怎么看?
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1楼
2015-12-21 21:49:31
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fengjunchen
铜虫
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应助: 10
(幼儿园)
金币: 752.1
红花: 2
帖子: 134
在线: 76.3小时
虫号: 3548432
注册: 2014-11-20
性别: GG
专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
首先,EcorI切出来是粘性末端,BsmBI切出来是平末端,不是同尾酶本来就连不上;虽然另一端都是EcorV,但连接效率依然会很低,或者说会比自连的概率都低很多。双酶切,还是老老实实用同样的酶或同尾酶吧。
其次,应该是插入片段多,载体少,我自己做时是 插入:载体=10:1
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5楼
2016-04-29 16:48:52
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