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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何把测得基因确定到是哪个基因组上的
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cz4869

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何把测得基因确定到是哪个基因组上的 已有2人参与

现在测得六倍体垂穗披碱草ADH基因的序列，由于是一代测序结果，所以测得的序列包括所有染色体上的。现在我想要把其分开，确定序列到底是来自哪个染色体上。现在对于垂穗披碱草国内外还没有测得其染色体的全基因组。望大神给些意见  实验进行不下去了都。。。
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1楼 2015-07-11 21:31:06
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:16:05
没有参考基因组的话，貌似只能做原位杂交。
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2楼2015-07-12 07:34:33
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

要不就看看有没有分子标记，然后做连锁分析。
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3楼2015-07-12 07:36:58
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:16:22
我觉得可以利用滴片的方法制得垂穗披碱草的染色体片子，让后将你克隆的基因做成探针，利用FISH在染色体上定位。
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4楼2015-07-12 13:17:45
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cz4869

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-07-12 07:34:33
没有参考基因组的话，貌似只能做原位杂交。

请问能够具体点吗？或者有没有您了解的哪个公司做过这种没有全基因组要定位的？
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5楼2015-07-12 13:36:30
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cz4869

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiqinger at 2015-07-12 13:17:45
我觉得可以利用滴片的方法制得垂穗披碱草的染色体片子，让后将你克隆的基因做成探针，利用FISH在染色体上定位。

这个滴片的方法是？可以具体一点吗？我不是很了解这种方法。谢谢
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6楼2015-07-12 13:38:51
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:16:59
引用回帖:
6楼: Originally posted by cz4869 at 2015-07-12 13:38:51
这个滴片的方法是？可以具体一点吗？我不是很了解这种方法。谢谢...

本实验采用半滑舌鳎成鱼制备染色体，由于成鱼头肾组织明显，因此采取体内注射PHA，取头肾组织作为材料制备染色体玻片。0
1. 按1.1μL/g鱼体重，用一次性无菌注射器向半滑舌鳎腹腔注射PHA，水温保持在24~25℃之间。
2. 24h后，按1.2μL/g鱼体重，用一次性无菌注射器向半滑舌鳎腹腔注射0.1%秋水仙素，即每克鱼体重注射秋水仙素1.2μg。
3. 2h后，静脉抽血后解剖，取头肾组织置于0.8%生理盐水中，用镊子将其撕碎以游离出细胞，4层纱布过滤，得到细胞悬液。
4. 1,800rpm离心7min，去除上清。
5. 加入适量0.8%生理盐水中重新悬浮细胞，1,800rpm离心7min，去除上清。
6. 加入75mmol/L的KCl，37℃ 低渗处理30min，期间每隔10min轻轻上下颠倒一次，观察是否有沉淀，若发现有沉淀则用4层纱布过滤。
7. 加入1-2mL卡诺固定液预固定，轻轻混匀，1,800rpm离心7min，去除上清。
8. 加入新的预冷的卡诺固定液固定头肾细胞3次，每30分钟更换一次固定液。
9. 冷滴片法滴片，常温下晾干。
10. 随机取1~2玻片用10%吉姆萨染液染色10min，自来水冲去染液，常温干燥，显微镜下观察。
11. 剩余玻片常温老化2天后置于玻片盒中，-20℃保存。

这是一种方法，你看一下。
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7楼2015-07-12 19:32:13
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