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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 基因组测序应该选择哪种测序方法？测序前有什么注意事项吗？
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wq654860

木虫 (初入文坛)

[求助] 基因组测序应该选择哪种测序方法？测序前有什么注意事项吗？ 已有1人参与

本人想克隆某细菌中的一段表达某种酶的未知基因（已通过同源基因设计引物但PCR没有成功），我想通过基因组测序的方法结合保守序列比对找到这段基因，如果测序的话根据测序的要求应该选择哪种测序方法，并且测定基因组时有什么注意事项，希望各位老师给出宝贵意见！谢谢！
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1楼 2015-03-30 15:43:27
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lxzk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wq654860: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-31 15:37:54
你这是高射炮打蚊子啊，基因组测序现在很多公司做，用hiseq的平台，价格怎么也得好几千吧，这还是你不用拼接。你最好问一下老师要不要这么做。

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2楼2015-03-31 09:01:47
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wq654860

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 09:01:47
你这是高射炮打蚊子啊，基因组测序现在很多公司做，用hiseq的平台，价格怎么也得好几千吧，这还是你不用拼接。你最好问一下老师要不要这么做。

我也是刚接触这方面不久，以前通过同源基因设计引物，但没成功，兼并引物还不熟悉，所以才想到基因组测序！基因组测序和通过保守区间比对能达到我想要的目的吗？谢谢！
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3楼2015-03-31 15:38:56
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lxzk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

目的是能达到，我再说一次，这是大工程，不管测序还是数据处理。自己做的话需要生物信息学，听你说还是新手，最好全部外包，测完了会做基因注释，就能看到你要的基因，或者直接用保守区间做blast应该也可以。按你的要求运气不太差的话不需要补gap，时间倒不会太长。

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4楼2015-03-31 19:37:14
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lxzk

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 19:37:14
目的是能达到，我再说一次，这是大工程，不管测序还是数据处理。自己做的话需要生物信息学，听你说还是新手，最好全部外包，测完了会做基因注释，就能看到你要的基因，或者直接用保守区间做blast应该也可以。按你的 ...

全部外包的话，包括建库，测序和数据处理，价格肯定是以万为单位，具体多少要看你的基因组大小和你选择的公司了。除了hiseq平台，Illumina另外的小规模平台miseq和nextseq也许也可以，取决于基因组大小。Pacific的平台也可以考虑，具体你还是咨询公司。

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5楼2015-03-31 19:49:50
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wq654860

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 19:49:50
全部外包的话，包括建库，测序和数据处理，价格肯定是以万为单位，具体多少要看你的基因组大小和你选择的公司了。除了hiseq平台，Illumina另外的小规模平台miseq和nextseq也许也可以，取决于基因组大小。Pacific的 ...

好的  很感谢您的建议！
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6楼2015-03-31 21:32:14
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二十一业

铜虫 (小有名气)
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5楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 19:49:50
全部外包的话，包括建库，测序和数据处理，价格肯定是以万为单位，具体多少要看你的基因组大小和你选择的公司了。除了hiseq平台，Illumina另外的小规模平台miseq和nextseq也许也可以，取决于基因组大小。Pacific的 ...

小几千块就能做了，亲。
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7楼2015-04-26 18:31:49
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二十一业

铜虫 (小有名气)
你只需要自己提总DNA，然后剩下的交给公司建库测序分析，小几千块就能做了。很多公司都能做，价格周期结果都各有差异。
我用过一个叫泽塔生物的测序，价格不贵，结果出的快，而且很容易读懂，别的公司也接触过，结果给了一堆文件，不好倒腾。
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8楼2015-04-26 18:36:34
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wq654860

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 二十一业 at 2015-04-26 18:36:34
你只需要自己提总DNA，然后剩下的交给公司建库测序分析，小几千块就能做了。很多公司都能做，价格周期结果都各有差异。
我用过一个叫泽塔生物的测序，价格不贵，结果出的快，而且很容易读懂，别的公司也接触过，结 ...

很感谢您的回答！
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9楼2015-04-27 08:04:53
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