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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 实验技术 » 高通量测序是干什么用的？另外测序后怎样找差异基因
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xinmutian

铁虫 (小有名气)

[交流] 高通量测序是干什么用的？另外测序后怎样找差异基因

如果用转录组高通量测序方法研究控制一种植物性状的基因，测序结束后该怎么做？看着这一堆的结果？怎么来确定是有差异的基因？如何利用测序结果？
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1楼2013-05-23 15:39:45
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hnndljd

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
xinmutian: 金币+3 2013-05-25 16:01:49
首先要在试验设计上下工夫，设计能够导致这种基因差异表达的对比。举例A处理，得到A和A'的对照。
然后把A和A’的样本分别提取RNA，高通量测序（RNA-Seq），将测序结果做对比。
对比有专门的生物信息学软件。一般会出现很多差异表达的基因，然后将这些基因分类，哪些是A比A‘表达量高的，哪些是一样的，哪些是A比A’低的。
把这些基因再和已经测序的模式生物的基因数据对比，确定这些基因是什么基因的同源基因。
得出结论：试验设计的处理可以使基因表达模式发生什么样的改变。

我也没有做过，看一些文献，纸上谈兵，希望对楼主有参考意义。
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7楼2013-05-24 22:51:47
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普通回帖

asdry

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
祝楼主诸事顺利，心想事成！
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2楼2013-05-23 16:08:03
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gzl9901

铁杆木虫 (文坛精英)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
祝福，祝您前程似锦，同时坚持每天访问论坛领取红包！
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3楼2013-05-23 16:24:10
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bullfrog325

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主的问题太宽了, 建议先自己看看文献再有选择的重点提问吧. 如:
Methods Mol Biol. 2012;802:259-74. doi: 10.1007/978-1-61779-400-1_17.
How to analyze gene expression using RNA-sequencing data
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6楼2013-05-23 19:30:28
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缝隙中的阳光

银虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-05-23 19:30:28
楼主的问题太宽了, 建议先自己看看文献再有选择的重点提问吧. 如:
Methods Mol Biol. 2012;802:259-74. doi: 10.1007/978-1-61779-400-1_17.
How to analyze gene expression using RNA-sequencing data

谢谢 我去看看
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8楼2013-12-26 10:03:01
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缝隙中的阳光

银虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by hnndljd at 2013-05-24 22:51:47
首先要在试验设计上下工夫，设计能够导致这种基因差异表达的对比。举例A处理，得到A和A'的对照。
然后把A和A’的样本分别提取RNA，高通量测序（RNA-Seq），将测序结果做对比。
对比有专门的生物信息学软件。一般会 ...

您分析的非常到位 但是我想问的是  如果材料是拿去专门的公司测序 那么您提到的A处理中的对照A‘ 是公司经过一些药品处理得到的还是来源于我们所送的材料中的 也就是 谁是对照谁是样品都是同样来源于我们所送的实验材料 只是由我们自己 决定了 然后再由公司分析
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9楼2013-12-26 10:15:56
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WUXUEMEI01

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by hnndljd at 2013-05-24 22:51:47
首先要在试验设计上下工夫，设计能够导致这种基因差异表达的对比。举例A处理，得到A和A'的对照。
然后把A和A’的样本分别提取RNA，高通量测序（RNA-Seq），将测序结果做对比。
对比有专门的生物信息学软件。一般会 ...

老师，将测序结果做对比，对比有专门的生物信息学软件，我现在也是在分析测序数据，请问可以用哪些软件做比对啊
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10楼2014-01-12 13:06:27
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cold_blood

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-05-23 19:30:28
楼主的问题太宽了, 建议先自己看看文献再有选择的重点提问吧. 如:
Methods Mol Biol. 2012;802:259-74. doi: 10.1007/978-1-61779-400-1_17.
How to analyze gene expression using RNA-sequencing data

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11楼2015-10-31 15:06:02
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yvonne9044

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
实验你自己设计啊，无论是研究胁迫还是发育还是什么的，我们实验室在华大测过转录组，我记得是自己处理好材料送去，那边可以给你提rna,公司会给你简单的分析,之后你在自己根据需要挖掘基因，比对什么的,如果实验室有钱，可以再花钱让公司帮忙二次处理数据

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12楼2015-10-31 22:39:46
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xinmutian4楼
2013-05-23 18:56   回复  
引用回帖:
3楼: Originally posted by gzl9901 at 2013-05-23 16:24:10 祝福，祝您前程似锦，同时坚持每天访问论坛领取红包！

xinmutian5楼
2013-05-23 18:56   回复  
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2楼: Originally posted by asdry at 2013-05-23 16:08:03 祝楼主诸事顺利，心想事成！

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