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想知道某种微生物代谢产物的产生基因并对该基因进行研究，该如何操作？论文也行
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现在已知某种微生物能产生某种代谢产物，想知道是什么基因指导该产物的合成，找出参与调控的基因。并对相关基因进行一些研究。想知道该如何操作，试验方法是什么？代谢产物不限，重要的是研究方法，有相关的论文也行。很急很急，谢谢 |
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参考邓子新院士几个学生的博士论文，比如孙宇辉的《南昌链霉菌中抗生素生物合成的遗传基础与分子机理研究》。 主要是建库筛选 或者 转座子突变（这个筛选很多菌才可能找到） 现在一般都是基因组全测序，然后根据结构推测可能的生物合成基因，利用生物信息学方法找到合成基因，然后做基因失活，如果产物没有了，证明这个基因与该产物的生物合成有关，然后找上游或者下游的基因，做annotation，然后失活一个个的基因，确定基因和产物的相关性等等。 也可以将可能生物合成基因克隆到载体上在异源宿主中表达。 一般原核生物中的次生代谢产物是由聚酮合酶PKS或者非核糖体多肽合成酶NRPS，核糖体多肽合成酶RPS，或者两者杂合，这些合成基因都有特定的保守序列，很好判断的。至于文献，google下应该很多。 |
6楼2012-05-09 16:10:35
克隆大虾
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mlanqiang
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我的前老板经常说的一句话 如果不知道该怎么做 那就做筛选 两种筛选方法 建基因组随机突变文库 可以用Tn5等转座子插入 看那个突变体不能产你要的代谢产物了 那它的插入位点肯定是和代谢物合成相关的 或者建质粒文库 把你的微生物基因组随机打碎 连接到质粒载体上去 转入一个不能产这种代谢物的菌株中 看那个克隆可以获得生产这种代谢物的能力 那转入的片段肯定是和代谢物合成相关的 |
4楼2012-05-08 08:14:38
hyacinth326
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1.常见活性物质合成途径应该已经清楚，可根据菌种信息直接采用pcr和建库的方法开始，获得该菌株的合成基因簇，查看相关文献设计调控方法。 2.全新或新骨架化合物结构首先推测属于哪一种合成途径，然后采用兼并pcr克隆合成基因簇保守片段，测序后可以通过步移克隆也可以构建文库克隆到想要的基因簇；或者采用转座子插入失活获得相关基因；也可以高通量测序后生物信息学分析得到合成基因簇 3.关于调控需要具体问题具体分析了 |
7楼2012-05-10 21:17:42
