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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 想知道某种微生物代谢产物的产生基因并对该基因进行研究，该如何操作？论文也行
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zhxiaofa

新虫 (初入文坛)

[求助] 想知道某种微生物代谢产物的产生基因并对该基因进行研究，该如何操作？论文也行

现在已知某种微生物能产生某种代谢产物，想知道是什么基因指导该产物的合成，找出参与调控的基因。并对相关基因进行一些研究。想知道该如何操作，试验方法是什么？代谢产物不限，重要的是研究方法，有相关的论文也行。很急很急，谢谢
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1楼 2012-05-07 21:20:52
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-08 13:42:31
一般研究的是次级代谢产物的生物合成.这些基因在微生物中一般成簇排列。运用基因组扫描手段获取基因组序列，结合次级代谢产物的结构特征，寻找特定基因，根据成簇排列特点，运用生物信息学，分析预测基因簇中各基因功能.既包含结构基因和调控基因..
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2楼2012-05-08 01:15:40
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般使用基因组扫描手段获取基因组序列。
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蓝精灵
3楼2012-05-08 06:08:03
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zhaognk

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励应助，欢迎交流 2012-05-08 13:43:01
zhxiaofa: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-12 12:12:59
我的前老板经常说的一句话
如果不知道该怎么做 那就做筛选
两种筛选方法
建基因组随机突变文库 可以用Tn5等转座子插入 看那个突变体不能产你要的代谢产物了 那它的插入位点肯定是和代谢物合成相关的
或者建质粒文库 把你的微生物基因组随机打碎 连接到质粒载体上去 转入一个不能产这种代谢物的菌株中 看那个克隆可以获得生产这种代谢物的能力 那转入的片段肯定是和代谢物合成相关的
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4楼2012-05-08 08:14:38
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hyacinth326

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励应助，欢迎交流 2012-05-08 13:43:21
这个确实是个大工程啊，可以查阅文献，看看有没有类似产物的基因方面的报道，如果有的话可以用兼并产物来pcr得到基因片段，然后研究该基因的功能，如果没有相关报道的话，就转座子突变，然后tail-pcr吧，再不行就测序吧，这可是花钱的工作啊
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5楼2012-05-08 09:31:29
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huiee

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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西瓜: 金币+4, Good！ 2012-05-09 18:55:58
zhxiaofa: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-05-12 12:12:40
zhxiaofa: 回帖置顶 2012-05-13 18:39:23
参考邓子新院士几个学生的博士论文，比如孙宇辉的《南昌链霉菌中抗生素生物合成的遗传基础与分子机理研究》。
主要是建库筛选 或者 转座子突变（这个筛选很多菌才可能找到）

现在一般都是基因组全测序，然后根据结构推测可能的生物合成基因，利用生物信息学方法找到合成基因，然后做基因失活，如果产物没有了，证明这个基因与该产物的生物合成有关，然后找上游或者下游的基因，做annotation，然后失活一个个的基因，确定基因和产物的相关性等等。
也可以将可能生物合成基因克隆到载体上在异源宿主中表达。

一般原核生物中的次生代谢产物是由聚酮合酶PKS或者非核糖体多肽合成酶NRPS，核糖体多肽合成酶RPS，或者两者杂合，这些合成基因都有特定的保守序列，很好判断的。至于文献，google下应该很多。
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6楼2012-05-09 16:10:35
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phq629

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-05-11 13:37:49
zhxiaofa: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-12 12:13:13
1.常见活性物质合成途径应该已经清楚，可根据菌种信息直接采用pcr和建库的方法开始，获得该菌株的合成基因簇，查看相关文献设计调控方法。
2.全新或新骨架化合物结构首先推测属于哪一种合成途径，然后采用兼并pcr克隆合成基因簇保守片段，测序后可以通过步移克隆也可以构建文库克隆到想要的基因簇；或者采用转座子插入失活获得相关基因；也可以高通量测序后生物信息学分析得到合成基因簇
3.关于调控需要具体问题具体分析了
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7楼2012-05-10 21:17:42
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