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doctorzf

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[求助] 变性梯度凝胶电泳、焦磷酸测序、宏基因组测序有什么区别啊？

看了一些文献有些采用变性梯度凝胶电泳，有些采用焦磷酸测序，有些是宏基因组测序？

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1楼 2013-03-23 11:03:51

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myprayer

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
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wizardfan: 金币+2, 谢谢分享经验 2013-03-24 09:01:56
doctorzf: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-04-08 21:26:16

DGGE的原理
双链DNA 分子在一般的聚丙烯酰胺凝胶电泳时，其迁移行为决定于其分子大小和电荷。不同长度的DNA 片段能够被区分开，但同样长度的DNA 片段在胶中的迁移行为一样，因此不能被区分。DGGE/TGGE 技术在一般的聚丙烯酰胺凝胶基础上，加入了变性剂（尿素和甲酰胺）梯度，从而能够把同样长度但序列不同的DNA 片段区分开来。一个特定的DNA 片段有其特有的序列组成，其序列组成决定了其解链区域(meltingdomain, MD)和解链行为(melting behavior) 。一个几百个碱基对的DNA 片段一般有几个解链区域，每个解链区域有一段连续的碱基对组成。当变性剂浓度逐渐增加达到其最低的解链区域浓度时，该区域这一段连续的碱基对发生解链。当浓度度再升高依次达到各其他解链区域浓度时，这些区域也依次发生解链。直到变性剂浓度达到最高的解链区域浓度后，最高的解链区域也发生解链，从而双链DNA 完全解链。

焦磷酸测序
是454高通量测序平台的测序原理.
宏基因组测序
是高通量测序的服务项目中的一种，就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序，可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序。454读长比较长，拼接效果比较好，但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短，但是通量非常高，费用比较低。

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2楼2013-03-23 12:11:04

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myprayer

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【答案】应助回帖

DGGE 已广泛用于分析自然环境中细菌、蓝细菌, 古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多样性。这一技术能够提供群落中优势种类信息并同时分析多个样品，具有可重复和操作简单等特点, 适合于调查种群的时空变化, 并且可通过对条带的序列分析或与特异性探针杂交分析鉴定群落组成。DGGE通过逐渐增加的化学变性剂线性浓度梯度可以把长度相同但只有一个碱基不同的DNA片段分离。DNA分子的双链在特定温度下会分离，这个温度取决于互补链的氢键含量（富含GC的区域融解温度较高）和相邻碱基的引力。

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3楼2013-03-23 12:12:44

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