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变性梯度凝胶电泳、焦磷酸测序、宏基因组测序有什么区别啊？
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| 看了一些文献有些采用变性梯度凝胶电泳，有些采用焦磷酸测序，有些是宏基因组测序？ |
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DGGE的原理 双链DNA 分子在一般的聚丙烯酰胺凝胶电泳时，其迁移行为决定于其分子大小和电荷。不同长度的DNA 片段能够被区分开，但同样长度的DNA 片段在胶中的迁移行为一样，因此不能被区分。DGGE/TGGE 技术在一般的聚丙烯酰胺凝胶基础上，加入了变性剂（尿素和甲酰胺）梯度，从而能够把同样长度但序列不同的DNA 片段区分开来。一个特定的DNA 片段有其特有的序列组成，其序列组成决定了其解链区域(meltingdomain, MD)和解链行为(melting behavior) 。一个几百个碱基对的DNA 片段一般有几个解链区域，每个解链区域有一段连续的碱基对组成。当变性剂浓度逐渐增加达到其最低的解链区域浓度时，该区域这一段连续的碱基对发生解链。当浓度度再升高依次达到各其他解链区域浓度时，这些区域也依次发生解链。直到变性剂浓度达到最高的解链区域浓度后，最高的解链区域也发生解链，从而双链DNA 完全解链。 焦磷酸测序 是454高通量测序平台的测序原理. 宏基因组测序 是高通量测序的服务项目中的一种，就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序，可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序。454读长比较长，拼接效果比较好，但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短，但是通量非常高，费用比较低。 |
2楼2013-03-23 12:11:04
myprayer
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DGGE: http://en.wikipedia.org/wiki/Tem ... gel_electrophoresis Pyrosequencing:http://en.wikipedia.org/wiki/Pyrosequencing Metagenomics:http://en.wikipedia.org/wiki/Metagenomics |
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