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wq654860

木虫 (初入文坛)

[求助] 基因组测序应该选择哪种测序方法?测序前有什么注意事项吗? 已有1人参与

本人想克隆某细菌中的一段表达某种酶的未知基因(已通过同源基因设计引物但PCR没有成功),我想通过基因组测序的方法结合保守序列比对找到这段基因,如果测序的话根据测序的要求应该选择哪种测序方法,并且测定基因组时有什么注意事项,希望各位老师给出宝贵意见!谢谢!
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lxzk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wq654860: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-31 15:37:54
你这是高射炮打蚊子啊,基因组测序现在很多公司做,用hiseq的平台,价格怎么也得好几千吧,这还是你不用拼接。你最好问一下老师要不要这么做。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2015-03-31 09:01:47
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wq654860

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 09:01:47
你这是高射炮打蚊子啊,基因组测序现在很多公司做,用hiseq的平台,价格怎么也得好几千吧,这还是你不用拼接。你最好问一下老师要不要这么做。

我也是刚接触这方面不久,以前通过同源基因设计引物,但没成功,兼并引物还不熟悉,所以才想到基因组测序!基因组测序和通过保守区间比对能达到我想要的目的吗?谢谢!
3楼2015-03-31 15:38:56
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lxzk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

目的是能达到,我再说一次,这是大工程,不管测序还是数据处理。自己做的话需要生物信息学,听你说还是新手,最好全部外包,测完了会做基因注释,就能看到你要的基因,或者直接用保守区间做blast应该也可以。按你的要求运气不太差的话不需要补gap,时间倒不会太长。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2015-03-31 19:37:14
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lxzk

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 19:37:14
目的是能达到,我再说一次,这是大工程,不管测序还是数据处理。自己做的话需要生物信息学,听你说还是新手,最好全部外包,测完了会做基因注释,就能看到你要的基因,或者直接用保守区间做blast应该也可以。按你的 ...

全部外包的话,包括建库,测序和数据处理,价格肯定是以万为单位,具体多少要看你的基因组大小和你选择的公司了。除了hiseq平台,Illumina另外的小规模平台miseq和nextseq也许也可以,取决于基因组大小。Pacific的平台也可以考虑,具体你还是咨询公司。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2015-03-31 19:49:50
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wq654860

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 19:49:50
全部外包的话,包括建库,测序和数据处理,价格肯定是以万为单位,具体多少要看你的基因组大小和你选择的公司了。除了hiseq平台,Illumina另外的小规模平台miseq和nextseq也许也可以,取决于基因组大小。Pacific的 ...

好的  很感谢您的建议!
6楼2015-03-31 21:32:14
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二十一业

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lxzk at 2015-03-31 19:49:50
全部外包的话,包括建库,测序和数据处理,价格肯定是以万为单位,具体多少要看你的基因组大小和你选择的公司了。除了hiseq平台,Illumina另外的小规模平台miseq和nextseq也许也可以,取决于基因组大小。Pacific的 ...

小几千块就能做了,亲。
7楼2015-04-26 18:31:49
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二十一业

铜虫 (小有名气)

你只需要自己提总DNA,然后剩下的交给公司建库测序分析,小几千块就能做了。很多公司都能做,价格周期结果都各有差异。
我用过一个叫泽塔生物的测序,价格不贵,结果出的快,而且很容易读懂,别的公司也接触过,结果给了一堆文件,不好倒腾。
8楼2015-04-26 18:36:34
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wq654860

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 二十一业 at 2015-04-26 18:36:34
你只需要自己提总DNA,然后剩下的交给公司建库测序分析,小几千块就能做了。很多公司都能做,价格周期结果都各有差异。
我用过一个叫泽塔生物的测序,价格不贵,结果出的快,而且很容易读懂,别的公司也接触过,结 ...

很感谢您的回答!
9楼2015-04-27 08:04:53
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