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cz4869

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何把测得基因确定到是哪个基因组上的 已有2人参与

现在测得六倍体垂穗披碱草ADH基因的序列,由于是一代测序结果,所以测得的序列包括所有染色体上的。现在我想要把其分开,确定序列到底是来自哪个染色体上。现在对于垂穗披碱草国内外还没有测得其染色体的全基因组。望大神给些意见  实验进行不下去了都。。。
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:16:05
没有参考基因组的话,貌似只能做原位杂交。
2楼2015-07-12 07:34:33
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

要不就看看有没有分子标记,然后做连锁分析。
3楼2015-07-12 07:36:58
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:16:22
我觉得可以利用滴片的方法制得垂穗披碱草的染色体片子,让后将你克隆的基因做成探针,利用FISH在染色体上定位。
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4楼2015-07-12 13:17:45
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cz4869

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-07-12 07:34:33
没有参考基因组的话,貌似只能做原位杂交。

请问能够具体点吗?或者有没有您了解的哪个公司做过这种没有全基因组要定位的?
5楼2015-07-12 13:36:30
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cz4869

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiqinger at 2015-07-12 13:17:45
我觉得可以利用滴片的方法制得垂穗披碱草的染色体片子,让后将你克隆的基因做成探针,利用FISH在染色体上定位。

这个滴片的方法是?可以具体一点吗?我不是很了解这种方法。谢谢
6楼2015-07-12 13:38:51
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-07-12 23:16:59
引用回帖:
6楼: Originally posted by cz4869 at 2015-07-12 13:38:51
这个滴片的方法是?可以具体一点吗?我不是很了解这种方法。谢谢...

本实验采用半滑舌鳎成鱼制备染色体,由于成鱼头肾组织明显,因此采取体内注射PHA,取头肾组织作为材料制备染色体玻片。0
1. 按1.1μL/g鱼体重,用一次性无菌注射器向半滑舌鳎腹腔注射PHA,水温保持在24~25℃之间。
2. 24h后,按1.2μL/g鱼体重,用一次性无菌注射器向半滑舌鳎腹腔注射0.1%秋水仙素,即每克鱼体重注射秋水仙素1.2μg。
3. 2h后,静脉抽血后解剖,取头肾组织置于0.8%生理盐水中,用镊子将其撕碎以游离出细胞,4层纱布过滤,得到细胞悬液。
4. 1,800rpm离心7min,去除上清。
5. 加入适量0.8%生理盐水中重新悬浮细胞,1,800rpm离心7min,去除上清。
6. 加入75mmol/L的KCl,37℃ 低渗处理30min,期间每隔10min轻轻上下颠倒一次,观察是否有沉淀,若发现有沉淀则用4层纱布过滤。
7. 加入1-2mL卡诺固定液预固定,轻轻混匀,1,800rpm离心7min,去除上清。
8. 加入新的预冷的卡诺固定液固定头肾细胞3次,每30分钟更换一次固定液。
9. 冷滴片法滴片,常温下晾干。
10. 随机取1~2玻片用10%吉姆萨染液染色10min,自来水冲去染液,常温干燥,显微镜下观察。
11. 剩余玻片常温老化2天后置于玻片盒中,-20℃保存。

这是一种方法,你看一下。
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7楼2015-07-12 19:32:13
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