应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到?
161/2返回列表12下一页
查看: 2397  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tdairy09

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到? 已有1人参与

怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到? 比如我的基因组是2M，我想要620000到630000之间的序列，多谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
在坚持中创新
1楼 2014-01-10 08:54:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

547star

木虫 (著名写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-10 23:16:34
NCBI打开genbank格式后可以选择区域再显示选定区域部分的。
赞一下(1人) 回复此楼
为什么
5楼2014-01-10 19:02:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

unforget408

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tdairy09: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-01-11 08:59:14
tdairy09: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-19 09:54:12
之前做编码区预测时弄过，先下载FASTA格式的基因序列，用MATLAB编程根据CDS.txt文件里指定的每个编码区的起止碱基号，从基因组序列中把需要的序列截取出来另存。这样一次处理上千的序列都没问题。
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2014-01-10 23:51:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirit87

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3894097
如果你的菌全基因测序，参考一下这个链接，这是其他菌的一个基因在全基因组的位置
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2014-01-11 08:06:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lcat

木虫 (小有名气)
如果是本地电脑的fasta格式基因组文件的话，可以用bioedit软件打开，用菜单栏的sequence里边select positions或者extract positions来截取，挺方便的。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tdairy09
14楼2014-01-13 06:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-10 11:28:07
tdairy09: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2014-01-11 09:02:14
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0101fcu2.html
试试看吧
赞一下 回复此楼
2楼2014-01-10 09:40:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-10 09:40:26
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0101fcu2.html
试试看吧

谢谢您提供的帮助，只是这个网站是不是针对人类基因组的呢？BED格式里面需要有chr x，我做的是细菌，只有一个染色体，请问该如何做呢？谢谢！
赞一下 回复此楼
在坚持中创新
3楼2014-01-10 18:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tdairy09 at 2014-01-10 18:09:32
谢谢您提供的帮助，只是这个网站是不是针对人类基因组的呢？BED格式里面需要有chr x，我做的是细菌，只有一个染色体，请问该如何做呢？谢谢！...

那你至少要说一下是哪个数据库 或者哪个物种吧。。。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-10 18:29:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirit87

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tdairy09: 金币+2, ★★★很有帮助, 多谢! 2014-01-11 09:02:59
NCBI gene数据库，可以选定指定位点间的序列
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-10 20:03:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-10 18:29:07
那你至少要说一下是哪个数据库 或者哪个物种吧。。。...

嗜热链球菌，谢啦
回复此楼
在坚持中创新
7楼2014-01-10 20:44:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 547star at 2014-01-10 19:02:20
NCBI打开genbank格式后可以选择区域再显示选定区域部分的。

能否将详细操作告知呢，多谢啦！
赞一下 回复此楼
在坚持中创新
8楼2014-01-10 21:07:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by spirit87 at 2014-01-10 20:03:50
NCBI gene数据库，可以选定指定位点间的序列

能否详细告知呢，谢谢@
赞一下 回复此楼
在坚持中创新
9楼2014-01-10 21:07:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-10 23:16:45
tdairy09: 金币+6, ★★★很有帮助 2014-01-11 09:13:14
细菌啊。。。基因组又不大
把序列全摘下来 然后用emboss里面的extractseq就搞定了
赞一下 回复此楼
10楼2014-01-10 23:15:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tdairy09 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 308求调剂 +16 墨墨漠 2026-04-06 16/800 2026-04-09 00:16 by lature00
[考研] 0703化学调剂 348分 +14 唉我超真没招了 2026-04-06 15/750 2026-04-08 19:16 by 我减肥1
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +21 额cc 2026-04-06 22/1100 2026-04-08 18:33 by 环化材-小生
[考研] 312求调剂 +4 Say Never 2026-04-04 4/200 2026-04-08 08:41 by barlinike
[考研] 372分材料与化工（085600）英二数二求调剂 +4 蓝笺片 2026-04-06 4/200 2026-04-07 12:30 by dongzh2009
[考研] 材料调剂 +13 一样YWY 2026-04-05 14/700 2026-04-07 09:51 by piklet
[考研] 277工科求调剂 +10 1915668 2026-04-04 11/550 2026-04-06 23:53 by 心媛意北
[考研] 专硕304找调剂，一线城市最好 +3 李lsl李 2026-04-05 3/150 2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +7 张.1 2026-04-05 7/350 2026-04-05 20:40 by 啵啵啵0119
[考研] 材料调剂 +13 一样YWY 2026-04-03 14/700 2026-04-05 18:20 by 蓝云思雨
[考研] 328分调剂 +6 门men 2026-04-04 6/300 2026-04-05 13:40 by imissbao
[考研] 材料化工306分找合适调剂 +14 沧海轻舟e 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:53 by 朱云虎202
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-04 4/200 2026-04-05 09:44 by zhq0425
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 14:46 by 湘农储能材料
[考研] 本科211，专业085404，293分请求调剂 +5 莲菜就是藕吧 2026-04-04 5/250 2026-04-04 14:08 by 这是一个无聊的�
[考研] 22408，264求调剂 +3 ywh729 2026-04-03 4/200 2026-04-04 11:04 by ywh729
[考研] 材料专业383求调剂 +8 郭阳阳阳成 2026-04-03 8/400 2026-04-04 10:29 by Rednal.
[考研] 315分 085602 求调剂 +15 26考研上岸版26 2026-04-02 15/750 2026-04-03 12:45 by xingguangj
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突， 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:16 by 兔突突突，
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭