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unforget408

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tdairy09: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-01-11 08:59:14
tdairy09: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-19 09:54:12
之前做编码区预测时弄过,先下载FASTA格式的基因序列,用MATLAB编程根据CDS.txt文件里指定的每个编码区的起止碱基号,从基因组序列中把需要的序列截取出来另存。这样一次处理上千的序列都没问题。
11楼2014-01-10 23:51:44
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spirit87

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3894097
如果你的菌全基因测序,参考一下这个链接,这是其他菌的一个基因在全基因组的位置
12楼2014-01-11 08:06:26
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tdairy09

金虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by unforget408 at 2014-01-10 23:51:44
之前做编码区预测时弄过,先下载FASTA格式的基因序列,用MATLAB编程根据CDS.txt文件里指定的每个编码区的起止碱基号,从基因组序列中把需要的序列截取出来另存。这样一次处理上千的序列都没问题。

多谢,看来是专家级别的了
在坚持中创新
13楼2014-01-11 09:00:10
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lcat

木虫 (小有名气)

如果是本地电脑的fasta格式基因组文件的话,可以用bioedit软件打开,用菜单栏的sequence里边select positions或者extract positions来截取,挺方便的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

14楼2014-01-13 06:51:56
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tdairy09

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by lcat at 2014-01-13 06:51:56
如果是本地电脑的fasta格式基因组文件的话,可以用bioedit软件打开,用菜单栏的sequence里边select positions或者extract positions来截取,挺方便的。

多谢!新年快乐!
在坚持中创新
15楼2014-01-19 09:57:37
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klds527

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tdairy09: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-19 13:19:34
bioedit和DNAman都可以,只是基因组长度不要过大
努力就会有收获
16楼2014-01-19 13:18:06
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