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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到?
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unforget408

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tdairy09: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-01-11 08:59:14
tdairy09: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-19 09:54:12
之前做编码区预测时弄过，先下载FASTA格式的基因序列，用MATLAB编程根据CDS.txt文件里指定的每个编码区的起止碱基号，从基因组序列中把需要的序列截取出来另存。这样一次处理上千的序列都没问题。
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11楼2014-01-10 23:51:44
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spirit87

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3894097
如果你的菌全基因测序，参考一下这个链接，这是其他菌的一个基因在全基因组的位置
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12楼2014-01-11 08:06:26
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tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by unforget408 at 2014-01-10 23:51:44
之前做编码区预测时弄过，先下载FASTA格式的基因序列，用MATLAB编程根据CDS.txt文件里指定的每个编码区的起止碱基号，从基因组序列中把需要的序列截取出来另存。这样一次处理上千的序列都没问题。

多谢，看来是专家级别的了
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在坚持中创新
13楼2014-01-11 09:00:10
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lcat

木虫 (小有名气)
如果是本地电脑的fasta格式基因组文件的话，可以用bioedit软件打开，用菜单栏的sequence里边select positions或者extract positions来截取，挺方便的。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tdairy09
14楼2014-01-13 06:51:56
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tdairy09

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by lcat at 2014-01-13 06:51:56
如果是本地电脑的fasta格式基因组文件的话，可以用bioedit软件打开，用菜单栏的sequence里边select positions或者extract positions来截取，挺方便的。

多谢！新年快乐！
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在坚持中创新
15楼2014-01-19 09:57:37
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klds527

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tdairy09: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-19 13:19:34
bioedit和DNAman都可以，只是基因组长度不要过大
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努力就会有收获
16楼2014-01-19 13:18:06
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