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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到?
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tdairy09

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到? 已有1人参与

怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到? 比如我的基因组是2M，我想要620000到630000之间的序列，多谢！
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在坚持中创新
1楼 2014-01-10 08:54:58
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tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by unforget408 at 2014-01-10 23:51:44
之前做编码区预测时弄过，先下载FASTA格式的基因序列，用MATLAB编程根据CDS.txt文件里指定的每个编码区的起止碱基号，从基因组序列中把需要的序列截取出来另存。这样一次处理上千的序列都没问题。

多谢，看来是专家级别的了
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在坚持中创新
13楼2014-01-11 09:00:10
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-10 11:28:07
tdairy09: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2014-01-11 09:02:14
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0101fcu2.html
试试看吧
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2楼2014-01-10 09:40:26
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tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-10 09:40:26
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0101fcu2.html
试试看吧

谢谢您提供的帮助，只是这个网站是不是针对人类基因组的呢？BED格式里面需要有chr x，我做的是细菌，只有一个染色体，请问该如何做呢？谢谢！
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在坚持中创新
3楼2014-01-10 18:09:32
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tdairy09 at 2014-01-10 18:09:32
谢谢您提供的帮助，只是这个网站是不是针对人类基因组的呢？BED格式里面需要有chr x，我做的是细菌，只有一个染色体，请问该如何做呢？谢谢！...

那你至少要说一下是哪个数据库 或者哪个物种吧。。。
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4楼2014-01-10 18:29:07
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查看全部 16 个回答
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