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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到?
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tdairy09

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到? 已有1人参与

怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到? 比如我的基因组是2M，我想要620000到630000之间的序列，多谢！
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在坚持中创新
1楼 2014-01-10 08:54:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

547star

木虫 (著名写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-10 23:16:34
NCBI打开genbank格式后可以选择区域再显示选定区域部分的。
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为什么
5楼2014-01-10 19:02:20
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unforget408

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tdairy09: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-01-11 08:59:14
tdairy09: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-19 09:54:12
之前做编码区预测时弄过，先下载FASTA格式的基因序列，用MATLAB编程根据CDS.txt文件里指定的每个编码区的起止碱基号，从基因组序列中把需要的序列截取出来另存。这样一次处理上千的序列都没问题。
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11楼2014-01-10 23:51:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirit87

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3894097
如果你的菌全基因测序，参考一下这个链接，这是其他菌的一个基因在全基因组的位置
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12楼2014-01-11 08:06:26
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lcat

木虫 (小有名气)
如果是本地电脑的fasta格式基因组文件的话，可以用bioedit软件打开，用菜单栏的sequence里边select positions或者extract positions来截取，挺方便的。
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tdairy09
14楼2014-01-13 06:51:56
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普通回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-10 11:28:07
tdairy09: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2014-01-11 09:02:14
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0101fcu2.html
试试看吧
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2楼2014-01-10 09:40:26
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tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-10 09:40:26
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0101fcu2.html
试试看吧

谢谢您提供的帮助，只是这个网站是不是针对人类基因组的呢？BED格式里面需要有chr x，我做的是细菌，只有一个染色体，请问该如何做呢？谢谢！
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在坚持中创新
3楼2014-01-10 18:09:32
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tdairy09 at 2014-01-10 18:09:32
谢谢您提供的帮助，只是这个网站是不是针对人类基因组的呢？BED格式里面需要有chr x，我做的是细菌，只有一个染色体，请问该如何做呢？谢谢！...

那你至少要说一下是哪个数据库 或者哪个物种吧。。。
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4楼2014-01-10 18:29:07
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spirit87

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tdairy09: 金币+2, ★★★很有帮助, 多谢! 2014-01-11 09:02:59
NCBI gene数据库，可以选定指定位点间的序列
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6楼2014-01-10 20:03:50
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tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-10 18:29:07
那你至少要说一下是哪个数据库 或者哪个物种吧。。。...

嗜热链球菌，谢啦
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在坚持中创新
7楼2014-01-10 20:44:58
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tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 547star at 2014-01-10 19:02:20
NCBI打开genbank格式后可以选择区域再显示选定区域部分的。

能否将详细操作告知呢，多谢啦！
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在坚持中创新
8楼2014-01-10 21:07:09
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tdairy09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by spirit87 at 2014-01-10 20:03:50
NCBI gene数据库，可以选定指定位点间的序列

能否详细告知呢，谢谢@
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在坚持中创新
9楼2014-01-10 21:07:34
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-10 23:16:45
tdairy09: 金币+6, ★★★很有帮助 2014-01-11 09:13:14
细菌啊。。。基因组又不大
把序列全摘下来 然后用emboss里面的extractseq就搞定了
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10楼2014-01-10 23:15:45
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