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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 求教引物设计
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柳弯儿

新虫 (正式写手)

[求助] 求教引物设计已有1人参与

菜鸟一个、看过文献、也看过步骤、一头雾水。专业也不是干这个的。希望大神们能教我如何设计引物、软件的问题我都能解决、网上也有步骤。我不知道怎么去查找序列……例如、我要做FTO基因、然后呢？我真的啥也不会  求大神指导！

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1楼2015-05-29 23:55:15
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
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晞朔: 金币+1 2015-05-30 13:51:31
网上有很多关于如何使用NCBI查找序列的资料，如果知道FTO基因登录号，就用登录号查，如果不知道就用基因名称查。另外你设计引物是要做什么实验？不同实验引物要求不同。
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2楼2015-05-30 10:11:14
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柳弯儿

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-05-30 10:11:14
网上有很多关于如何使用NCBI查找序列的资料，如果知道FTO基因登录号，就用登录号查，如果不知道就用基因名称查。另外你设计引物是要做什么实验？不同实验引物要求不同。

就做普通pcr  酶切  电泳  看目的基因是否表达。  我如果按照fto找   会出现很多序列   我想问  是不是应该按照 我要做的位点去ncbi查序列  然后再将序列复制在软件里设计引物   是不是呢？  我是不理解这个怎么去找。

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3楼2015-05-30 15:10:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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3楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-05-30 15:10:48
就做普通pcr  酶切  电泳  看目的基因是否表达。  我如果按照fto找   会出现很多序列   我想问  是不是应该按照 我要做的位点去ncbi查序列  然后再将序列复制在软件里设计引物   是不是呢？  我是不理解这个怎么去 ...

看目的基因是否表达，并不是普通PCR，要用mRNA反转录成cDNA做模板做半定量或实时荧光定量PCR，也用不着酶切。按FTO找，出现很多序列，再从里面找你做的物种的。你要做的位点是什么意思？
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4楼2015-05-30 18:27:21
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柳弯儿

新虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by stone2239 at 2015-05-30 18:27:21
看目的基因是否表达，并不是普通PCR，要用mRNA反转录成cDNA做模板做半定量或实时荧光定量PCR，也用不着酶切。按FTO找，出现很多序列，再从里面找你做的物种的。你要做的位点是什么意思？...

人血提的DNA  我们老师说不用定量、荧光什么的  就普通pcr   位点的话  我查文章 fto的有诸如rs285566这样的位点   我查来查去也是一头雾水   我想知道怎么去查序列

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5楼2015-05-30 23:02:54
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-06-02 23:16:22
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5楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-05-30 23:02:54
人血提的DNA  我们老师说不用定量、荧光什么的  就普通pcr   位点的话  我查文章 fto的有诸如rs285566这样的位点   我查来查去也是一头雾水   我想知道怎么去查序列
...

你这是SNP，跟表达没关系，在NCBI的SNP库里搜这个号，就可以找到该位点前后的序列，然后看该位点变化是否有酶切位点的变异，如有，直接在该位点前后两三百bp设计引物，PCR，然后用响应的酶进行酶切，看酶切结果条带就能判断是哪种基因型；如没有酶切位点变异，可以使用dCAPS设计引物引入酶切位点变异，PCR后对产物进行酶切，根据酶切产物变化判断基因型。
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6楼2015-05-31 01:21:34
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柳弯儿

新虫 (正式写手)
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6楼: Originally posted by stone2239 at 2015-05-31 01:21:34
你这是SNP，跟表达没关系，在NCBI的SNP库里搜这个号，就可以找到该位点前后的序列，然后看该位点变化是否有酶切位点的变异，如有，直接在该位点前后两三百bp设计引物，PCR，然后用响应的酶进行酶切，看酶切结果条带 ...

嗯嗯、您这么说我就清楚了。那就不是看它表达不表达了？那我想弱弱的问哈、我们是从血液中看这种基因是否与肥胖相关，而且老师也说不用定量，那p完，酶切完，能得到什么结果啊？望大神指教一下……

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7楼2015-06-01 07:45:22
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 柳弯儿 at 2015-06-01 07:45:22
嗯嗯、您这么说我就清楚了。那就不是看它表达不表达了？那我想弱弱的问哈、我们是从血液中看这种基因是否与肥胖相关，而且老师也说不用定量，那p完，酶切完，能得到什么结果啊？望大神指教一下……
...

P完后，看这个位点的两种多态是否与你样本有关。对于你的就是看该SNP是否与肥胖表型有一定的相关性。
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8楼2015-06-01 10:22:30
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柳弯儿

新虫 (正式写手)
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8楼: Originally posted by stone2239 at 2015-06-01 10:22:30
P完后，看这个位点的两种多态是否与你样本有关。对于你的就是看该SNP是否与肥胖表型有一定的相关性。...

大神，我想问问这个酶切是干吗的？我的这个用酶切么？  
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9楼2015-06-03 10:19:39
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