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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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晞朔

专家顾问

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[交流] PCR相关问题解答

近期,很多新虫友问到与PCR相关的问题,共同点只有一个:P不出来。这个过程很煎熬,从事分子生物学稍微久一点的虫子都知道,这都是说起来容易做起来难的工作。基于我多年的经验和教训,大致原因总结如下:

1. 最可能出现的问题是引物特异性。一般DNA/RNA/质粒提取,不会出现太大问题的话,引物特异性是决定PCR成败的首要因素。所以在设计引物的时候,一定要谨慎,严格按照引物设计的原则来进行,尤其是刚刚涉及本领域的虫友们,还是按照规矩来比较好。很多虫友可能是拿到别人设计的引物来做扩增,这个时候最好是拿到引物设计的最初资源,或者自己再用Primer去检测一下,确认之后再做扩增,这对你后面的分析会有很大帮助。

2. 反应体系的优化。反应体系对PCR扩增的决定也是至关重要的,选择合适的扩增酶和其对应的酶buffer是反应体系合理的首要因素。不同的实验目的对酶的选择有针对性,若只是检测,检测条带有无或大小,可用普通的扩增酶即可;若是需要测序,进行后续实验,i就要选取高保真酶;一些特殊的目的片段可能需要选取一些特殊的酶来进行扩增。各大扩增酶供应现在都比较齐全和成熟,大可与供应商联系交流,选择合适自己的酶。其他几个组分也需要注意,如Mg2+是否有加,dNTP是否有效,模板是否合适。反应体系的优化是个排除法,做得出来,你一般不会注意。但做不出来,就要一一排除。

3. 反应程序的选择。不同的扩增酶对应着不同的反应程序,看好protocal再进行程序设置。这里最需要注意的可能就是退火温度的选择,通常来说,退火温度使用你设计引物时的温度,如果不合适,可能就要做梯度,这个过程也比较繁琐。个人教训是先关注降低3-5度的结果,若还没结果,可能就要做上下10度的梯度PCR。

4. 凝胶的制备和电泳。很多虫友上传一张凝胶电泳图问原因,这个一般很难解答到底哪个地方出错了,最可能的就是上述三点的问题。但是凝胶的制备也会影响你最终成像的结果,凝胶的低浓度,EB的量,凝胶孔的大小,电压的大小都会影响到你最终图片的效果。

总之,PCR是个分子生物学的一个基本技术。粗略总结起来,就以上几点。还是那句话,顺利的时候,一次性就出来了;但只有不顺利,才会让你找原因,才会理解和进步。这是个人的教训总结,希望对大家有用。
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ly476779208

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
前来取经,新手不断摸索中,只有不断试错才能进步啊
12楼2015-08-26 10:35:42
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匿名

版主

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晞朔(金币+1): 谢谢参与
本帖仅楼主可见
2楼2015-05-16 11:17:56
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yingheqian

实习版主

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晞朔(金币+1): 谢谢参与
楼主不错,分享很好
3楼2015-05-16 13:27:00
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feng890327

实习版主

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
其实就是一个经验累积的过程
9楼2015-05-22 13:47:37
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